Η θεωρία των μικροβίων για τις ασθένειες είναι μια θεωρία της βιολογίας. Λέει ότι μικροί οργανισμοί (που ονομάζονται μικρόβια), επίσης γνωστοί ως μικρόβια, προκαλούν ασθένειες. Οι περισσότερες, αλλά όχι όλες οι ασθένειες είναι μολυσματικές ασθένειες. Η θεωρία των μικροβίων αναφέρει ότι οι μικροί οργανισμοί προκαλούν μια αντίδραση στο σώμα όσων έχουν μολυνθεί. Η αντίδραση του οργανισμού στη μόλυνση ονομάζεται ασθένεια.
Πολλοί επιστήμονες και γιατροί στην ιστορία κατάλαβαν ότι οι ασθένειες προκαλούνται από μικροσκοπικούς οργανισμούς. Ακόμη και μετά την εφεύρεση του μικροσκοπίου, οι άνθρωποι εξακολουθούσαν να μην γνωρίζουν ότι τα μικρόβια προκαλούν ασθένειες. Οι άνθρωποι πίστευαν για πολύ καιρό ότι ο "κακός αέρας" από τις βρωμερές χωματερές και από το σάπιο κρέας ήταν η αιτία των ασθενειών. Έτσι, οι άνθρωποι πίστευαν ότι το να καλύπτουν το στόμα και τη μύτη τους με ένα πανί θα βοηθούσε στο φιλτράρισμα του "κακού αέρα". Οι επιστήμονες και οι γιατροί χρησιμοποιούσαν σκόρδο και αρώματα για να απομακρύνουν τον κακό αέρα. Αλλά οι άνθρωποι εξακολουθούσαν να αρρωσταίνουν και ακόμη και να πεθαίνουν, οπότε αυτή η θεωρία ήταν λανθασμένη. Ο μολυσμένος αέρας δεν είναι η αιτία των ασθενειών.
Ένα πρόβλημα με τις παλιές θεωρίες για τις ασθένειες ήταν ότι οι άνθρωποι πίστευαν ότι τα έμβια όντα δημιουργούνται αυθόρμητα. Αυθόρμητη γένεση είναι όταν κάτι όπως μια μύγα αναπτύσσεται από ένα μικρό κόκκο μυρωδάτου κρέατος. Αυτή η παλιά θεωρία ονομάζεται αβιογένεση. Τον δέκατο έβδομο αιώνα, ο Francesco Redi (18 Φεβρουαρίου 1626 - 1 Μαρτίου 1697) ανακάλυψε ότι οι μύγες γεννούν αυγά που γίνονται σκουλήκια. Πριν από αυτό, οι άνθρωποι πίστευαν ότι τα σκουλήκια προέρχονταν από σάπιο κρέας. Το ανακάλυψε αυτό σφραγίζοντας λίγο κρέας σε ένα βάζο και παρακολουθώντας το. Στο σφραγισμένο κρέας δεν βρέθηκαν σκουλήκια. Έβαλε επίσης λίγο κρέας σε ένα βάζο και το κάλυψε με γάζα. Τα σκουλήκια βρέθηκαν στη γάζα αλλά όχι μέσα στο βάζο. Όταν όμως τοποθέτησε κρέας σε ανοιχτό βάζο, βρέθηκαν σκουλήκια στο κρέας και μέσα στο βάζο. Πειράματα όπως αυτό απέδειξαν ότι τα σκουλήκια προέρχονται από μύγες που γεννούν αυγά και όχι από σάπιο κρέας. Αργότερα οι επιστήμονες θα αποδείκνυαν ότι οι ασθένειες δεν προέρχονται από τον αέρα. Οι ασθένειες μεταδίδονται με μόλυνση.


