Τα μεθανογόνα είναι μικροοργανισμοί που παράγουν μεθάνιο ως μεταβολικό υποπροϊόν σε ανοξικές συνθήκες. Οι οργανισμοί αυτοί είναι αρχαία, ένας διαφορετικός τομέας από τα βακτήρια. Είναι συνηθισμένοι στους υγροτόπους, όπου παράγουν αέριο του βάλτου.
Τα μεθανογόνα είναι επίσης κοινά στους πεπτικούς σωλήνες ζώων όπως τα μηρυκαστικά και οι άνθρωποι. Το μεθάνιο συχνά εκλύεται.
Στα θαλάσσια ιζήματα παράγεται μεθάνιο όταν τα θειικά άλατα είναι χαμηλά. Αυτό συμβαίνει κάτω από τα ανώτερα στρώματα. Οι πληθυσμοί μεθανογόνων αρχαίων παίζουν σημαντικό ρόλο στις αναερόβιες επεξεργασίες υγρών αποβλήτων. Ορισμένα μεθανογόνα είναι ακραιόφιλα, τα οποία βρίσκονται σε περιβάλλοντα όπως οι θερμές πηγές και οι υποθαλάσσιες υδροθερμικές πηγές, καθώς και στο "στερεό" πέτρωμα του φλοιού της Γης, χιλιόμετρα κάτω από την επιφάνεια.
Τα μεθανογόνα μετατρέπουν το οξικό οξύ σε μεθάνιο σε μια διαδικασία ζύμωσης. Μην τα συγχέετε με τα μεθανοτρόφα, τα οποία χρησιμοποιούν μεθάνιο για τις ανάγκες τους σε άνθρακα και ενέργεια.