Οι μονοκύτταροι οργανισμοί είναι οργανισμοί που έχουν ένα κύτταρο. Χωρίζονται σε δύο αρκετά διαφορετικούς τύπους, από διαφορετικά βασίλεια ταξινόμησης.

Οι διαφορές μεταξύ των προκαρυωτικών και των ευκαρυωτικών είναι σημαντικές. Οι ευκαρυώτες διαθέτουν πυρήνα και διάφορα υποκυτταρικά όργανα που ονομάζονται οργανίδια, ενώ οι προκαρυώτες όχι.