Ο εγκέφαλος των σπονδυλωτών είναι το κύριο τμήμα του κεντρικού νευρικού συστήματος. Στα σπονδυλωτά (και στα περισσότερα άλλα ζώα) ο εγκέφαλος βρίσκεται μπροστά, στο κεφάλι. Προστατεύεται από το κρανίο και βρίσκεται κοντά στις κύριες αισθήσεις της όρασης, της ακοής, της ισορροπίας, της γεύσης και της όσφρησης. Καθώς ένα ζώο κινείται προς τα εμπρός, οι αισθήσεις του συλλέγουν δεδομένα για το περιβάλλον και αυτά τα δεδομένα πηγαίνουν απευθείας στον εγκέφαλο.
Οι εγκέφαλοι είναι εξαιρετικά πολύπλοκοι. Ο εγκέφαλος ελέγχει τα άλλα όργανα του σώματος, είτε ενεργοποιώντας τους μύες είτε προκαλώντας την έκκριση χημικών ουσιών όπως οι ορμόνες και οι νευροδιαβιβαστές. Η μυϊκή δράση επιτρέπει την ταχεία και συντονισμένη αντίδραση στις αλλαγές του περιβάλλοντος- οι ορμόνες και το αυτόνομο νευρικό σύστημα κάνουν πιο αργές αλλαγές στο σώμα. Αποτελεί επίσης μέρος του ανθρώπινου και του ζωικού σώματος. Ο εγκέφαλος ενός ενήλικου ανθρώπου ζυγίζει περίπου 1300-1400 γραμμάρια
Στα σπονδυλωτά, ο νωτιαίος μυελός από μόνος του μπορεί να προκαλέσει αντανακλαστικές αντιδράσεις καθώς και απλές κινήσεις όπως η κολύμβηση ή το περπάτημα. Ωστόσο, ο εξελιγμένος έλεγχος της συμπεριφοράς απαιτεί έναν κεντρικό εγκέφαλο.
Η δομή του εγκεφάλου όλων των σπονδυλωτών είναι βασικά η ίδια. Ταυτόχρονα, κατά τη διάρκεια της εξέλιξης, ο εγκέφαλος των σπονδυλωτών έχει υποστεί αλλαγές και έχει γίνει πιο αποτελεσματικός. Στα λεγόμενα "κατώτερα" ζώα, το μεγαλύτερο μέρος ή το σύνολο της δομής του εγκεφάλου κληρονομείται, και ως εκ τούτου η συμπεριφορά τους είναι κυρίως ενστικτώδης. Στα θηλαστικά, και ιδίως στον άνθρωπο, ο εγκέφαλος αναπτύσσεται περαιτέρω κατά τη διάρκεια της ζωής με τη μάθηση. Αυτό έχει το πλεονέκτημα ότι τα βοηθά να προσαρμοστούν καλύτερα στο περιβάλλον τους. Η ικανότητα μάθησης φαίνεται καλύτερα στον εγκεφαλικό φλοιό.

