Τα πρώτα πλοία της ΕΣΣΔ έφτασαν στον αποκλεισμό στις 25 Οκτωβρίου και εμποδίστηκαν από το αμερικανικό ναυτικό να φτάσουν στην Κούβα.
Ο Νικίτα Χρουστσόφ έστειλε επιστολή στον Κένεντι στις 26 Οκτωβρίου. Οι σύμβουλοι του Κένεντι είπαν ότι η επιστολή έμοιαζε να έχει γραφτεί από τον ίδιο τον Χρουστσόφ και όχι από τους επίσημους συντάκτες του, οι οποίοι κανονικά θα την έγραφαν. Είπαν επίσης ότι φαινόταν να έχει γραφτεί από έναν άνθρωπο που βρισκόταν υπό πίεση. Σε μια εργασία με τίτλο "Σαράντα χρόνια μετά από 13 ημέρες", ο Ρόμπερτ ΜακΝαμάρα παρέθεσε μέρος της επιστολής του Χρουστσόφ:
| “ | Όλοι χρειάζονται την ειρήνη- τόσο οι καπιταλιστές, αν δεν έχουν χάσει τη λογική τους, όσο και οι κομμουνιστές. Ο πόλεμος είναι ο εχθρός μας και μια συμφορά για όλους τους ανθρώπους. Αν όντως ξεσπάσει πόλεμος, τότε δεν θα είναι στη δύναμή μας να τον σταματήσουμε, γιατί αυτή είναι η λογική του πολέμου. Έχω συμμετάσχει σε δύο πολέμους και ξέρω ότι ο πόλεμος τελειώνει μόνο όταν έχει κυλήσει μέσα σε πόλεις και χωριά, σπέρνοντας παντού θάνατο και καταστροφή. Θα ήθελα να συμφωνήσετε ότι δεν μπορεί κανείς να υποχωρεί στις πιέσεις- είναι απαραίτητο να τις ελέγχει. Αν οι άνθρωποι δεν δείξουν σοφία, τότε σε τελική ανάλυση θα έρθουν σε σύγκρουση, σαν τυφλοί τυφλοπόντικες, και τότε θα αρχίσει η αμοιβαία εξόντωση. Αν δεν έχετε χάσει τον αυτοέλεγχό σας, τότε κύριε Πρόεδρε εμείς και εσείς οφείλουμε να μην τραβήξουμε τώρα την άκρη ενός σχοινιού στο οποίο έχετε δέσει τον κόμπο του πολέμου, γιατί όσο περισσότερο τραβάμε οι δυο μας, τόσο πιο σφιχτά θα δέσει ο κόμπος. Και μπορεί να έρθει μια στιγμή που ο κόμπος αυτός θα είναι τόσο σφιχτά δεμένος που ούτε αυτός που τον έδεσε δεν θα έχει τη δύναμη να τον λύσει. Και τότε θα είναι απαραίτητο να κοπεί αυτός ο κόμπος. Και το τι θα σημαίνει αυτό δεν είναι δική μου δουλειά να σας το εξηγήσω, γιατί εσείς οι ίδιοι καταλαβαίνετε απόλυτα ποιες τρομερές δυνάμεις διαθέτουν οι χώρες μας. Ας μην χαλαρώσουμε μόνο τις δυνάμεις που τραβούν την άκρη του σχοινιού- ας πάρουμε τα μέσα για να λύσουμε τον κόμπο. Είμαστε έτοιμοι γι' αυτό. | ” |
| -Νικίτα Χρουστσόφ |
Ο Χρουστσόφ έλεγε ότι θα απομάκρυνε τους πυραυλικούς σταθμούς αν ο πρόεδρος Κένεντι υποσχόταν να μην εισβάλει στην Κούβα. Μια εισβολή στην Κούβα θα έκανε τον Χρουστσόφ να φανεί κακός και θα μπορούσε επίσης να οδηγήσει σε πυρηνικό πόλεμο. Αυτή ήταν η αντίδραση που ήθελε ο Κένεντι.
Την επόμενη ημέρα, μια δεύτερη επιστολή στάλθηκε από τη Ρωσία στον Κένεντι. Αυτή φαινόταν πιο επίσημη από την πρώτη. Έλεγε επίσης ότι οι ΗΠΑ έπρεπε να βγάλουν τους πυρηνικούς πυραύλους τους από την Τουρκία, αν ήθελαν η Ρωσία να βγάλει τους πυραύλους της από την Κούβα. Αυτό θα ήταν μια δίκαιη ανταλλαγή, επειδή οι αμερικανικοί πύραυλοι στην Τουρκία ήταν αρκετά κοντά στη Ρωσία ώστε να μπορούν να φτάσουν στις περισσότερες σημαντικές πόλεις και η Κούβα ήταν αρκετά κοντά στις ΗΠΑ ώστε οι ρωσικοί πύραυλοι να φτάσουν στις περισσότερες σημαντικές πόλεις των ΗΠΑ. Το πρόβλημα για τον Κένεντι ήταν ότι δεν μπορούσε να συμφωνήσει δημοσίως να αφαιρέσει τους αμερικανικούς πυραύλους από την Τουρκία, διότι τότε η Τουρκία δεν θα ήταν προστατευμένη και δεν θα ήταν ευχαριστημένη.
Ένα άλλο πρόβλημα ήταν ότι ο Κένεντι και οι σύμβουλοί του δεν γνώριζαν αν ο Χρουστσόφ ήταν ακόμη στην εξουσία. Πίστευαν ότι κάποιος στη ρωσική κυβέρνηση μπορεί να είχε ανατρέψει τον Χρουστσόφ. Το σκέφτηκαν αυτό επειδή η δεύτερη επιστολή ήταν τόσο πολύ διαφορετική από την πρώτη. Ο Κένεντι αποφάσισε να στείλει ένα μυστικό μήνυμα στον Χρουστσόφ λέγοντας ότι θα απομάκρυναν τους πυραύλους από την Τουρκία σε λίγους μήνες, αρκεί να μην το έλεγαν στο κοινό. Στη συνέχεια ο Κένεντι έστειλε μια επίσημη επιστολή στον Χρουστσόφ, στην οποία συμφωνούσε με τους όρους της πρώτης επιστολής και δεν ανέφερε τη δεύτερη.
Ο Χρουστσόφ συμφώνησε με το μυστικό μήνυμα.
Την 1η Νοεμβρίου, οι πυραυλικές εγκαταστάσεις απομακρύνθηκαν και τα προβλήματα έληξαν.
Οι στόχοι του Χρουστσόφ στην κρίση είχαν διάφορα αποτελέσματα:
- Μια κομμουνιστική χώρα ήταν πιο κοντά στις Ηνωμένες Πολιτείες. Η Κούβα βγήκε από την κρίση εξακολουθώντας να είναι μια κομμουνιστική χώρα.
- Ο Κένεντι ωθήθηκε στην κρίση. Στο τέλος, η επιθυμία του για ειρήνη ήταν σημαντική για τον τερματισμό της κρίσης.
- Οι πυραυλικές εγκαταστάσεις στην Τουρκία απομακρύνθηκαν, αλλά όχι με τον τρόπο που ήθελε ο Χρουστσόφ.
Οι Ηνωμένες Πολιτείες είδαν τον Κένεντι ως τον ήρωα που πολέμησε τον κομμουνισμό και νίκησε.