Το αεροσκάφος της πτήσης 11 της American Airlines ήταν ένα Boeing 767. Αν και μπορούσε να μεταφέρει 158 επιβάτες, η πτήση της 11ης Σεπτεμβρίου μετέφερε μόνο 81 επιβάτες και 11 μέλη του πληρώματος. Στο αεροσκάφος επέβαιναν ο πιλότος John Ogonowski και ο πρώτος αξιωματικός Thomas McGuinness. Οι αεροσυνοδοί ήταν οι Barbara Arestegui, Jeffrey Collman, Sara Low, Karen Martin, Kathleen Nicosia, Betty Ong, Jean Roger, Dianne Snyder και Madeline Sweeney.
Επιβίβαση
Ο Μοχάμεντ Άττα, μέλος της τρομοκρατικής οργάνωσης Αλ Κάιντα και ηγέτης των επιθέσεων, και ένας άλλος αεροπειρατής, ο Αμπντουλαζίζ αλ-Ομάρι, πέταξαν μαζί από το Πόρτλαντ του Μέιν στη Βοστώνη νωρίς το πρωί της 11ης Σεπτεμβρίου 2001. Και οι δύο αεροπειρατές είχαν εισιτήρια πρώτης θέσης για πτήση προς το Λος Άντζελες της Καλιφόρνια. Τρεις άλλοι αεροπειρατές, ο Waleed al-Shehri, ο Wail al-Shehri και ο Satam al-Suqami έφτασαν στο Διεθνές Αεροδρόμιο Logan με αυτοκίνητο. Και οι πέντε έκαναν check-in και στις 07:40 επιβιβάστηκαν στο αεροσκάφος που επρόκειτο να αναχωρήσει στις 07:45.
Ο Mohamed Atta καθόταν στην επιχειρηματική θέση μαζί με τον Abdulaziz al-Omari και τον Suqami. Ο Waleed al-Shehri και ο Wail al-Shehri κάθισαν στην πρώτη θέση. Το αεροσκάφος τροχοδρόμησε από την πύλη 26 και αναχώρησε από το Διεθνές Αεροδρόμιο Logan στις 07:59 από τον διάδρομο 4R μετά από καθυστέρηση 14 λεπτών.
Hijacking
Πιστεύεται ότι η αεροπειρατεία του αεροπλάνου ξεκίνησε στις 08:14. Τότε ήταν που ο πιλότος και ο πρώτος αξιωματικός σταμάτησαν να μιλούν με τον έλεγχο εναέριας κυκλοφορίας στη Βοστώνη. Δύο λεπτά αργότερα, το αεροσκάφος σταμάτησε να πετάει κατά μήκος της διαδρομής που έπρεπε να ακολουθήσει. Από το αεροσκάφος δεν ερχόταν πλέον καμία ραδιοφωνική απάντηση και το σύστημα του αεροσκάφους που χρησιμοποιείται για την αποφυγή σύγκρουσης με άλλα αεροσκάφη ήταν επίσης απενεργοποιημένο. Οι αεροσυνοδοί Ong και Sweeney επικοινώνησαν με την American Airlines με αεροσυστήματα της AT&T κατά τη διάρκεια της αεροπειρατείας. Είπαν ότι οι αεροπειρατές είχαν τραυματίσει δύο από τις άλλες αεροσυνοδούς και είχαν σκοτώσει έναν Ισραηλινό επιβάτη. Κατά τη διάρκεια της μακράς τετράλεπτης κλήσης, ο Ong είπε στην αεροπορική εταιρεία σε ποιες θέσεις κάθονταν οι αεροπειρατές και είπε ότι κανείς δεν μπορούσε να μπει στο πιλοτήριο.
Στις 08:23:38, ο Atta προσπάθησε να μιλήσει στους επιβάτες από το πιλοτήριο, αλλά πάτησε λάθος κουμπί και έστειλε το μήνυμα στον έλεγχο εναέριας κυκλοφορίας. Είπε ότι "[έχουν] κάποια αεροπλάνα, απλά μείνετε ήσυχοι και θα είστε εντάξει. Επιστρέφουμε στο αεροδρόμιο". Ένα λεπτό αργότερα είπε: "Μην κουνηθεί κανείς. Όλα θα πάνε καλά. Αν προσπαθήσετε να κάνετε οποιαδήποτε κίνηση, θα θέσετε σε κίνδυνο τον εαυτό σας και το αεροπλάνο. Απλά μείνετε ήσυχοι". Ο έλεγχος εναέριας κυκλοφορίας συνειδητοποίησε ότι το αεροσκάφος είχε καταληφθεί και κάλεσε την Ομοσπονδιακή Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας. Λίγο αργότερα, ο Atta ανακοίνωσε: "Μην κουνηθεί κανείς, παρακαλώ, επιστρέφουμε στο αεροδρόμιο, μην προσπαθήσετε να κάνετε καμία ανόητη κίνηση". Πέντε λεπτά αργότερα ο έλεγχος εναέριας κυκλοφορίας της Βοστώνης κάλεσε τη Διοίκηση Αεροδιαστημικής Άμυνας της Βόρειας Αμερικής (NORAD). Η NORAD διέταξε δύο μαχητικά αεροσκάφη F-15 να προλάβουν την πτήση, αλλά ήταν πολύ αργά - το ΑΑ 11 είχε ήδη κάνει την τελευταία του στροφή προς το Μανχάταν και συνετρίβη στον Βόρειο Πύργο του Παγκόσμιου Κέντρου Εμπορίου περισσότερα από έξι λεπτά πριν απογειωθούν τα μαχητικά αεροσκάφη.
Crash
Στις 08:46:40, οι αεροπειρατές έριξαν την πτήση 11 στη βόρεια πλευρά του Βόρειου Πύργου (Πύργος 1) του Παγκόσμιου Κέντρου Εμπορίου. Το αεροσκάφος, που ταξίδευε με ταχύτητα περίπου 466 μιλίων την ώρα (750 χλμ/ώρα) και μετέφερε περίπου 10.000 γαλόνια εύφλεκτων καυσίμων, χτύπησε μεταξύ του 93ου και του 99ου ορόφου του Βόρειου Πύργου. Συνολικά σκοτώθηκαν 92 επιβαίνοντες στο αεροσκάφος.
Επειδή ο Βόρειος Πύργος ήταν τόσο κατεστραμμένος, οι άνθρωποι δεν μπορούσαν να διαφύγουν από πάνω, όπου είχε πέσει το αεροσκάφος. Όλες οι σκάλες και τα ασανσέρ από τον 92ο όροφο και πάνω είχαν μπλοκαριστεί, εγκλωβίζοντας 1.344 άτομα. Εκατοντάδες σκοτώθηκαν αμέσως από την πρόσκρουση. Οι υπόλοιποι είτε παγιδεύτηκαν και πέθαναν από τη φωτιά και τον καπνό είτε από την κατάρρευση του πύργου. Κάποιοι πέθαναν αφού πήδηξαν από το κτίριο. Περισσότερα από ένα φρεάτια ανελκυστήρων μετέφεραν τα φλεγόμενα καύσιμα προς τα κάτω, εκρήγνυνται κατά τη διαδρομή προς τα κάτω.
Ο Jules Naudet, ένας Γάλλος εικονολήπτης κινηματογράφησε τη συντριβή. Μια κάμερα που είχε τοποθετηθεί σε μια έκθεση τέχνης στο Μπρούκλιν για να τραβάει φωτογραφίες του Κάτω Μανχάταν κάθε τέσσερα δευτερόλεπτα, κατέγραψε επίσης την πτήση 11 να πέφτει στον Βόρειο Πύργο.
Οι ειδησεογραφικοί οργανισμοί ανέφεραν για πρώτη φορά μια έκρηξη στο Παγκόσμιο Κέντρο Εμπορίου. Το CNN διέκοψε μια διαφήμιση στις 08:49 με τον τίτλο που έγραφε "Καταστροφή του Παγκόσμιου Κέντρου Εμπορίου". Ο πρόεδρος Τζορτζ Μπους έφτανε σε ένα δημοτικό σχολείο στη Σαρασότα της Φλόριντα όταν ενημερώθηκε για τη συντριβή. Ο πρόεδρος δήλωσε: "Πρόκειται για λάθος του πιλότου. Είναι απίστευτο ότι κάποιος θα έκανε κάτι τέτοιο. Ο τύπος πρέπει να έπαθε καρδιακή προσβολή". Τα πρώτα δελτία ειδήσεων πίστευαν ότι η συντριβή ήταν ατύχημα, μέχρι που η πτήση 175 έπεσε στον Νότιο Πύργο στις 09:03.