Στη χημεία και τη φυσική, η ατομική θεωρία εξηγεί πώς η κατανόηση του ατόμου έχει αλλάξει με την πάροδο του χρόνου. Κάποτε τα άτομα θεωρούνταν τα μικρότερα κομμάτια της ύλης. Ωστόσο, είναι πλέον γνωστό ότι τα άτομα αποτελούνται από πρωτόνια, νετρόνια και ηλεκτρόνια. Αυτά τα υποατομικά σωματίδια αποτελούνται από κουάρκ. Η πρώτη ιδέα για το άτομο προήλθε από τον Έλληνα φιλόσοφο Δημόκριτο. Πολλές από τις ιδέες της σύγχρονης θεωρίας προήλθαν από τον Τζον Ντάλτον, έναν Βρετανό χημικό και φυσικό.

Η θεωρία ισχύει για στερεά, υγρά και αέρια, αλλά δεν ισχύει με τρόπο ανάλογο για τα πλάσματα ή τους αστέρες νετρονίων.