Το 1850, ο Sir William Crookes κατασκεύασε έναν "σωλήνα εκκένωσης", δηλαδή έναν γυάλινο σωλήνα με αφαιρεμένο αέρα και μεταλλικά ηλεκτρόδια στα άκρα του, συνδεδεμένο με μια πηγή υψηλής τάσης. Όταν δημιουργείται κενό στον σωλήνα, παρατηρείται μια ελαφριά εκκένωση που πηγαίνει από την κάθοδο (αρνητικά φορτισμένο ηλεκτρόδιο) στην άνοδο (θετικά φορτισμένο ηλεκτρόδιο). Ο Crookes ονόμασε την εκπομπή αυτή "καθοδικές ακτίνες".
Μετά τα πειράματα με τις καθοδικές ακτίνες, ο Sir Joseph John Thomson διαπίστωσε ότι η εκπεμπόμενη ακτίνα σχηματίζεται από αρνητικά φορτία, επειδή έλκονται από τον θετικό πόλο. Ο Thomson γνώριζε ότι τα άτομα ήταν ηλεκτρικά ουδέτερα, αλλά διαπίστωσε ότι, για να συμβεί αυτό, ένα άτομο θα πρέπει να έχει την ίδια ποσότητα αρνητικών και θετικών φορτίων. Τα αρνητικά φορτία ονομάστηκαν ηλεκτρόνια (e-).
Σύμφωνα με τις παραδοχές που είχαν δημιουργηθεί σχετικά με το ουδέτερο φορτίο των ατόμων, ο Thomson πρότεινε το πρώτο ατομικό μοντέλο, το οποίο περιγράφηκε ως μια θετικά φορτισμένη σφαίρα στην οποία ήταν τοποθετημένα τα ηλεκτρόνια (με αρνητικά φορτία). Είναι γνωστό ως το μοντέλο της πουτίγκας δαμάσκηνου.
Το 1906, ο Ρόμπερτ Μίλικαν προσδιόρισε ότι τα ηλεκτρόνια είχαν φορτίο Κουλόμπ (C) -1,6 * 10−19, κάτι που επέτρεψε τον υπολογισμό της μάζας τους ως μικροσκοπική, ίση με 9,109 * 10 −31kg.
Την ίδια εποχή, τα πειράματα του Eugene Goldstein το 1886 με λυχνίες καθοδικής εκκένωσης του επέτρεψαν να διαπιστώσει ότι τα θετικά φορτία είχαν μάζα 1,6726 * 10−27 kg και ηλεκτρικό φορτίο +1,6 * 10 C−19. Ο λόρδος Ernest Rutherford ονόμασε αργότερα αυτά τα θετικά φορτισμένα σωματίδια πρωτόνια.