Η λέξη "άτομο" προέρχεται από το ελληνικό (ἀτόμος) "ατομός", αδιαίρετος, από το (ἀ)-, όχι, και το τόμος, τομή. Η πρώτη ιστορική αναφορά της λέξης άτομο προέρχεται από έργα του Έλληνα φιλοσόφου Δημόκριτου, γύρω στο 400 π.Χ. Η ατομική θεωρία παρέμεινε ως ένα κυρίως φιλοσοφικό θέμα, χωρίς πολλές πραγματικές επιστημονικές έρευνες ή μελέτες, μέχρι την ανάπτυξη της χημείας τη δεκαετία του 1650.
Το 1777 ο Γάλλος χημικός Antoine Lavoisier όρισε για πρώτη φορά τον όρο στοιχείο. Είπε ότι στοιχείο είναι κάθε βασική ουσία που δεν μπορεί να διασπαστεί σε άλλες ουσίες με τις μεθόδους της χημείας. Κάθε ουσία που μπορούσε να διασπαστεί ήταν ένωση.
Το 1803, ο Άγγλος φιλόσοφος Τζον Ντάλτον πρότεινε ότι τα στοιχεία είναι μικροσκοπικές, στερεές μπάλες που αποτελούνται από άτομα. Ο Ντάλτον πίστευε ότι όλα τα άτομα του ίδιου στοιχείου έχουν την ίδια μάζα. Είπε ότι οι ενώσεις σχηματίζονται όταν συνδυάζονται άτομα περισσότερων του ενός στοιχείων. Σύμφωνα με τον Ντάλτον, σε μια συγκεκριμένη ένωση, τα άτομα των στοιχείων της ένωσης συνδυάζονται πάντα με τον ίδιο τρόπο.
Το 1827, ο Βρετανός επιστήμονας Robert Brown εξέτασε στο μικροσκόπιό του κόκκους γύρης μέσα στο νερό. Οι γυρεόκοκκοι φαινόταν να κουνιούνται. Ο Μπράουν χρησιμοποίησε την ατομική θεωρία του Ντάλτον για να περιγράψει μοτίβα στον τρόπο που κινούνταν. Αυτό ονομάστηκε κίνηση Μπράουν. Το 1905 ο Άλμπερτ Αϊνστάιν χρησιμοποίησε τα μαθηματικά για να αποδείξει ότι οι φαινομενικά τυχαίες κινήσεις προκαλούνταν από τις αντιδράσεις των ατόμων, και με τον τρόπο αυτό απέδειξε οριστικά την ύπαρξη του ατόμου. Το 1869, ο Ρώσος επιστήμονας Ντμίτρι Μεντελέγιεφ δημοσίευσε την πρώτη εκδοχή του περιοδικού πίνακα. Ο περιοδικός πίνακας ομαδοποιεί τα στοιχεία με βάση τον ατομικό τους αριθμό (πόσα πρωτόνια έχουν. Αυτός είναι συνήθως ο ίδιος με τον αριθμό των ηλεκτρονίων). Τα στοιχεία στην ίδια στήλη ή περίοδο έχουν συνήθως παρόμοιες ιδιότητες. Για παράδειγμα, το ήλιο, το νέον, το αργό, το κρυπτόν και το ξένον βρίσκονται όλα στην ίδια στήλη και έχουν πολύ παρόμοιες ιδιότητες. Όλα αυτά τα στοιχεία είναι αέρια που δεν έχουν χρώμα και οσμή. Επίσης, δεν μπορούν να ενωθούν με άλλα άτομα για να σχηματίσουν ενώσεις. Μαζί είναι γνωστά ως ευγενή αέρια.
Ο φυσικός J.J. Thomson ήταν ο πρώτος που ανακάλυψε τα ηλεκτρόνια. Αυτό συνέβη ενώ εργαζόταν με καθοδικές ακτίνες το 1897. Συνειδητοποίησε ότι είχαν αρνητικό φορτίο, σε αντίθεση με τα πρωτόνια (θετικά) και τα νετρόνια (χωρίς φορτίο). Ο Thomson δημιούργησε το μοντέλο της πουτίγκας δαμάσκηνου, το οποίο ανέφερε ότι το άτομο μοιάζει με την πουτίγκα δαμάσκηνου: τα αποξηραμένα φρούτα (ηλεκτρόνια) είναι κολλημένα σε μια μάζα πουτίγκας (πρωτόνια). Το 1909, ένας επιστήμονας ονόματι Ernest Rutherford χρησιμοποίησε το πείραμα Geiger-Marsden για να αποδείξει ότι το μεγαλύτερο μέρος ενός ατόμου βρίσκεται σε έναν πολύ μικρό χώρο που ονομάζεται ατομικός πυρήνας. Ο Ράδερφορντ πήρε μια φωτογραφική πλάκα, την κάλυψε με φύλλο χρυσού και στη συνέχεια την εκτόξευσε με σωματίδια άλφα (που αποτελούνται από δύο πρωτόνια και δύο νετρόνια κολλημένα μεταξύ τους). Πολλά από τα σωματίδια πέρασαν μέσα από το φύλλο χρυσού, γεγονός που απέδειξε ότι τα άτομα είναι ως επί το πλείστον κενός χώρος. Τα ηλεκτρόνια είναι τόσο μικρά που αποτελούν μόνο το 1% της μάζας ενός ατόμου.
Το 1913, ο Niels Bohr εισήγαγε το μοντέλο Bohr. Αυτό το μοντέλο έδειξε ότι τα ηλεκτρόνια κινούνται γύρω από τον πυρήνα σε σταθερές κυκλικές τροχιές. Αυτό ήταν πιο ακριβές από το μοντέλο Rutherford. Ωστόσο, εξακολουθούσε να μην είναι απολύτως σωστό. Από τότε που πρωτοπαρουσιάστηκε το μοντέλο Bohr έχουν γίνει βελτιώσεις.
Το 1925, ο χημικός Frederick Soddy διαπίστωσε ότι ορισμένα στοιχεία του περιοδικού πίνακα είχαν περισσότερα από ένα είδη ατόμων. Για παράδειγμα, κάθε άτομο με 2 πρωτόνια θα έπρεπε να είναι άτομο ηλίου. Συνήθως, ένας πυρήνας ηλίου περιέχει επίσης δύο νετρόνια. Ωστόσο, ορισμένα άτομα ηλίου έχουν μόνο ένα νετρόνιο. Αυτό σημαίνει ότι είναι πραγματικά ήλιο, επειδή ένα στοιχείο ορίζεται από τον αριθμό των πρωτονίων, αλλά δεν είναι ούτε κανονικό ήλιο. Ο Soddy ονόμασε ένα τέτοιο άτομο, με διαφορετικό αριθμό νετρονίων, ισότοπο. Για να πάρουμε το όνομα του ισοτόπου εξετάζουμε πόσα πρωτόνια και νετρόνια έχει στον πυρήνα του και το προσθέτουμε στο όνομα του στοιχείου. Έτσι, ένα άτομο ηλίου με δύο πρωτόνια και ένα νετρόνιο ονομάζεται ήλιο-3 και ένα άτομο άνθρακα με έξι πρωτόνια και έξι νετρόνια ονομάζεται άνθρακας-12. Ωστόσο, όταν ανέπτυξε τη θεωρία του, ο Soddy δεν μπορούσε να είναι σίγουρος ότι τα νετρόνια υπήρχαν στην πραγματικότητα. Για να αποδείξει ότι ήταν πραγματικά, ο φυσικός Τζέιμς Τσάντγουικ και μια ομάδα άλλων δημιούργησαν το φασματόμετρο μάζας. Το φασματόμετρο μάζας μετρά στην πραγματικότητα τη μάζα και το βάρος μεμονωμένων ατόμων. Με τον τρόπο αυτό ο Chadwick απέδειξε ότι για να εξηγείται όλο το βάρος του ατόμου, πρέπει να υπάρχουν νετρόνια.
Το 1937, ο Γερμανός χημικός Otto Hahn έγινε ο πρώτος άνθρωπος που δημιούργησε πυρηνική σχάση σε εργαστήριο. Το ανακάλυψε τυχαία, όταν έριχνε νετρόνια σε ένα άτομο ουρανίου, ελπίζοντας να δημιουργήσει ένα νέο ισότοπο. Ωστόσο, παρατήρησε ότι αντί για ένα νέο ισότοπο το ουράνιο απλώς μετατράπηκε σε ένα άτομο βαρίου, ένα μικρότερο άτομο από το ουράνιο. Προφανώς, ο Hahn είχε "σπάσει" το άτομο του ουρανίου. Αυτή ήταν η πρώτη καταγεγραμμένη αντίδραση πυρηνικής σχάσης στον κόσμο. Η ανακάλυψη αυτή οδήγησε τελικά στη δημιουργία της ατομικής βόμβας.
Πιο μέσα στον 20ό αιώνα, οι φυσικοί εμβάθυναν περισσότερο στα μυστήρια του ατόμου. Χρησιμοποιώντας επιταχυντές σωματιδίων ανακάλυψαν ότι τα πρωτόνια και τα νετρόνια αποτελούνταν στην πραγματικότητα από άλλα σωματίδια, τα λεγόμενα κουάρκ.
Το πιο ακριβές μοντέλο μέχρι στιγμής προέρχεται από την εξίσωση Schrödinger. Ο Schrödinger συνειδητοποίησε ότι τα ηλεκτρόνια υπάρχουν σε ένα νέφος γύρω από τον πυρήνα, που ονομάζεται νέφος ηλεκτρονίων. Στο νέφος ηλεκτρονίων, είναι αδύνατο να γνωρίζουμε ακριβώς πού βρίσκονται τα ηλεκτρόνια. Η εξίσωση Schrödinger χρησιμοποιείται για να βρεθεί πού είναι πιθανό να βρίσκεται ένα ηλεκτρόνιο. Η περιοχή αυτή ονομάζεται τροχιά του ηλεκτρονίου.