Το νησί Ισπανιόλα ανακαλύφθηκε από τον Χριστόφορο Κολόμβο στις 5 Δεκεμβρίου 1492, αλλά η πρώτη φορά που είδε μέρος της σημερινής Δομινικανής Δημοκρατίας ήταν στις 4 Ιανουαρίου 1493, όταν είδε ένα ακρωτήριο που ονόμασε Monte Cristi ("Βουνό του Χριστού"). Το βουνό αυτό ονομάζεται σήμερα El Morro και βρίσκεται κοντά στην πόλη Monte Cristi.
Από το Μόντε Κρίστι, ο Κολόμβος κατευθύνθηκε ανατολικά κατά μήκος της βόρειας ακτής του νησιού και στις 6 Ιανουαρίου, αφού επισκέφθηκε τον κόλπο της Σαμάνα, επέστρεψε στην Ισπανία. Στο δεύτερο ταξίδι του στην Αμερική, ίδρυσε την πρώτη ευρωπαϊκή πόλη στην ήπειρο, τη Λα Ιζαμπέλα, κοντά στη σημερινή πόλη Πουέρτο Πλάτα.
Αργότερα, ο Βαρθολομαίος Κολόμβος ίδρυσε την πόλη Σάντο Ντομίνγκο, την παλαιότερη μόνιμη ευρωπαϊκή πόλη στην αμερικανική ήπειρο. Από εδώ, πολλοί Ισπανοί πήγαν να κατακτήσουν άλλα νησιά (Κούβα, Τζαμάικα, Πουέρτο Ρίκο). Επειδή η Κούβα ήταν πιο κοντά στην ήπειρο, πολλοί άνθρωποι μετακινήθηκαν εκεί από την Ισπανιόλα και στη συνέχεια στην ήπειρο. Εξαιτίας αυτού, ο πληθυσμός του νησιού αυξανόταν πολύ αργά. Με τη Συνθήκη του Ράισγουικ το 1697, η Ισπανία έδωσε το δυτικό τρίτο του νησιού στη Γαλλία και κράτησε το ανατολικό τμήμα, και έτσι το νησί είχε δύο διαφορετικές αποικίες: το γαλλικό Σεν Ντομίνγκου και το ισπανικό Σάντο Ντομίνγκο. Το 1795, η Γαλλία πήρε ολόκληρο το νησί, αλλά μπορούσε να ελέγξει μόνο το ανατολικό τμήμα, επειδή η Αϊτή ανεξαρτητοποιήθηκε πολύ σύντομα. Το 1809, η γαλλική κυβέρνηση επέστρεψε την παλιά αποικία "Santo Domingo" στην Ισπανία.
Την 1η Δεκεμβρίου 1821, ο Ισπανός υποδιοικητής José Núñez de Cáceres κήρυξε την ανεξαρτησία της από την Ισπανία. Η νέα χώρα είχε το όνομα Estado Independiente del Haití Español ("Ανεξάρτητο Κράτος της Ισπανικής Αϊτής"). Όμως στις 9 Φεβρουαρίου 1822, ο στρατός της Αϊτής κατέλαβε τη χώρα και παρέμεινε εκεί για 22 χρόνια. Ο Χουάν Πάμπλο Ντουάρτε ίδρυσε μια μυστική κοινωνία, τη La Trinitaria, για να αγωνιστεί για την ανεξαρτησία της Δομινικανής Δημοκρατίας. Η αϊτινή κατοχή έληξε στις 27 Φεβρουαρίου 1844, όταν οι κάτοικοι του ανατολικού τμήματος της Ισπανιόλας δημιούργησαν μια νέα χώρα με το όνομα República Dominicana ("Δομινικανή Δημοκρατία"). Από το 1861 έως το 1865, η χώρα ήταν και πάλι ισπανική αποικία. Στις 16 Αυγούστου 1863 ξεκίνησε ο Πόλεμος της Αποκατάστασης, όταν οι Δομινικανοί πολέμησαν για να είναι και πάλι ελεύθεροι. Ο πόλεμος αυτός έληξε το 1865, όταν οι Ισπανοί έφυγαν και η Δομινικανή Δημοκρατία ήταν και πάλι ανεξάρτητη χώρα.
Η χώρα κατελήφθη από τις Ηνωμένες Πολιτείες από το 1916 έως το 1924. Το 1930, ο Ραφαέλ Τρουχίγιο έγινε πρόεδρος της χώρας με πραξικόπημα. Ο Τρουχίγιο ήταν ένας σκληρός δικτάτορας, ο οποίος σκότωσε χιλιάδες ανθρώπους, ανάμεσά τους και πολλούς Αϊτινούς. Ο Τρουχίγιο σκοτώθηκε το 1961. Μετά το θάνατο του Τρουχίγιο, ο Χουάν Μπος εξελέγη το 1962 και έγινε, το 1963, ο πρώτος εκλεγμένος πρόεδρος από το 1930. Όμως ο Μπος παρέμεινε στην εξουσία μόνο για επτά μήνες. Το 1965, ξέσπασε εμφύλιος πόλεμος μεταξύ εκείνων που ήθελαν τον Μπος πίσω στην εξουσία και εκείνων που ήταν αντίθετοι σε αυτόν. Τότε η χώρα δέχτηκε και πάλι εισβολή από τις Ηνωμένες Πολιτείες.
Μετά το τέλος του εμφυλίου πολέμου, οι πρόεδροι της Δομινικανής Δημοκρατίας είναι:
- Joaquín Balaguer (1966-1978)
- Antonio Guzmán (1978-1982)
- Salvador Jorge Blanco (1982-1986)
- Joaquín Balaguer (1986-1996)
- Leonel Fernández (1996-2000)
- Hipólito Mejía (2000-2004)
- Leonel Fernández (2004-2012)