Η Φλόριντα είναι μια πολιτεία με μεγάλη βιοποικιλότητα, με 3.500 ενδημικά αγγειακά φυτά και 1.500 σπονδυλωτά, αριθμός μεγαλύτερος από όλες τις άλλες πολιτείες εκτός από τρεις. Μια μελέτη του 2003 του Οργανισμού Τροφίμων και Γεωργίας των Ηνωμένων Εθνών ανέφερε ότι τα στενά της Φλόριντα έχουν την υψηλότερη βιοποικιλότητα στον Ατλαντικό Ωκεανό και φιλοξενούν 25 ενδημικά είδη.
Flora
Η ερυθρά παλίρροια ήταν επίσης ένα ζήτημα στη νοτιοδυτική ακτή της Φλόριντα. Αν και υπάρχουν πολλές εικασίες σχετικά με την αιτία της άνθισης των τοξικών φυκών, δεν υπάρχουν ενδείξεις ότι προκαλείται από τη ρύπανση ή ότι έχει αυξηθεί η διάρκεια ή η συχνότητα των κρουσμάτων της ερυθράς παλίρροιας.
Ανθοκομικά παράσιτα
Η αυτοφυής χλωρίδα απειλείται από διάφορα χωροκατακτητικά φυτά, συμπεριλαμβανομένης της βραζιλιάνικης πιπεριάς (Schinus terebinthifolius). Η κατοχή και η καλλιέργεια αυτού του δέντρου είναι παράνομη. Μεγάλος αριθμός εθελοντών κόβει αυτούς τους εισβολείς, ιδίως κατά μήκος των υδάτινων οδών. Το αυστραλιανό πεύκο (Casuarina spp.) δέχεται ενεργή επίθεση.
Άλλα ξένα παράσιτα περιλαμβάνουν το ασιατικό σκαθάρι αμβροσίας (Xyleborus glabratus), το οποίο απειλεί την τοπική βιομηχανία αβοκάντο και τα δέντρα redbay (Persea borbonia).
Είναι παράνομη η εισαγωγή γιγάντιων αφρικανικών χερσαίων σαλιγκαριών (achatina fulica). Αυτά απειλούν κτίρια, 500 είδη τοπικών φυτών και μεταφέρουν μηνιγγίτιδα.
Πανίδα
Τα ενδημικά είδη στη Φλόριντα περιλαμβάνουν το Florida Scrub Jay (Aphelocoma coerulescens), το Miami blue (Cyclargus thomasi bethunebakeri), το Okaloosa darter (Etheostoma okaloosae) και το Key Deer (Odocoileus virginianus clavium).
Η Φλόριντα είναι ένας δημοφιλής προορισμός για την παρατήρηση πουλιών, λόγω των πολλών ειδών που μπορεί να βρεθούν στην πολιτεία σε διάφορες εποχές του έτους. Η Ορνιθολογική Εταιρεία της Φλόριντα διατηρεί τον επίσημο κρατικό κατάλογο των πτηνών της Φλόριντα, ο οποίος περιλαμβάνει σήμερα 498 είδη. Μια μελέτη που δημοσιεύθηκε το 2003 από την Επιτροπή Διατήρησης Ψαριών και Άγριας Ζωής της Φλόριντα κατέγραψε 196 είδη πτηνών που επιβεβαιώθηκε ότι αναπαράγονται στην πολιτεία, ενώ επιπλέον 19 είδη αναφέρονται ως πιθανά ή πιθανά αναπαραγωγικά. Το Great Florida Birding Trail, ένα μονοπάτι μήκους 2.000 μιλίων (3.200 χλμ.), αποτελείται από 489 τοποθεσίες σε όλη την πολιτεία που αποτελούν εξαιρετικές τοποθεσίες παρατήρησης.
Η ερασιτεχνική αλιεία είναι επίσης δημοφιλής στη Φλόριντα- πάνω από 250 διαφορετικά είδη ψαριών (συμπεριλαμβανομένων 73 μη ιθαγενών ειδών) μπορούν να βρεθούν στη Φλόριντα. Υπάρχουν περισσότερα από 1.000 είδη ψαριών στα παράκτια ύδατα της Φλόριντα.
Το 2010, η NOAA, επικαλούμενη τον νόμο Magnuson-Stevens, απαγόρευσε την αλιεία του κόκκινου σαρδέλου μέχρι ο πληθυσμός να έχει χρόνο να ανακάμψει.
Οι ακτές του Ατλαντικού της Φλόριντα φιλοξενούν τους μοναδικούς εκτεταμένους κοραλλιογενείς υφάλους στις ηπειρωτικές Ηνωμένες Πολιτείες και τους τρίτους μεγαλύτερους στον κόσμο. Ολόκληρο το σύστημα υφάλων στα Florida Keys αποτελεί μέρος του Εθνικού Θαλάσσιου Καταφυγίου Florida Keys, ενώ μεγάλα τμήματα του υφάλου προστατεύονται ως μέρος του Εθνικού Πάρκου Biscayne.
Το 1977, η ομοσπονδιακή κυβέρνηση έθεσε τους αλιγάτορες στον κατάλογο των απειλούμενων ειδών. Αφαιρέθηκαν από τον κατάλογο των απειλούμενων ειδών το 1987 και η Φλόριντα επέτρεψε το επιλεκτικό κυνήγι το 1988.
Ενδιαιτήματα πουλιών και χελωνών
Το 1987, η κομητεία Brevard της Φλόριντα φιλοξένησε το τελευταίο μέλος του Dusky Seaside Sparrow, που έχει πλέον εξαφανιστεί. Μόνο δύο είδη πτηνών έχουν εξαφανιστεί από τότε που άρχισε η καταγραφή των απειλούμενων ειδών το 1973. Το γεγονός αυτό αποτέλεσε πρόκληση για την ταχεία αντιμετώπιση άλλων περιβαλλοντικών προβλημάτων.
Το Scrub Jay της Φλόριντα θεωρείται ότι απειλείται εδώ και πολλά χρόνια, επειδή το είδος είναι εδαφικό και δεν μπορεί να μετακινηθεί σε καλύτερες περιοχές όταν το περιβάλλον του κινδυνεύει.
Οι παραλίες ωοτοκίας των θαλάσσιων χελωνών καρέτα-καρέτα προστατεύονται.
