Το όνομα του ποταμού προέρχεται από τη λέξη lappihanne των Αλγόνκων (καταγεγραμμένη επίσης ως toppehannock), που σημαίνει "ποταμός με γρήγορα ανερχόμενα νερά" ή "όπου η παλίρροια ανεβαίνει και κατεβαίνει", ονομασία που χρησιμοποιούσε ο τοπικός ιθαγενής πληθυσμός, η φυλή Rappahannock.
Παρόλο που υπήρχαν μερικά μικρά χωριουδάκια κατά μήκος του κατώτερου ποταμού Ραπαχάννοκ κατά τους πρώτους αποικιακούς χρόνους, ο εποικισμός της κοιλάδας του ποταμού Ραπαχάννοκ άρχισε σοβαρά κατά τα πρώτα χρόνια του 18ου αιώνα, κατόπιν προτροπής του κυβερνήτη Αλεξάντερ Σπότσγουντ. Ο ποταμός Τζέιμς είχε καταγραφεί μέχρι τη γραμμή πτώσης του, το σημείο όπου, από γεωλογική άποψη, το ηπειρωτικό υπόβαθρο του Πιεμόντε συναντά τα ιζηματογενή πετρώματα και τα αλλουβιακά εδάφη της παράκτιας πεδιάδας. Ο Σπότσγουντ ενθάρρυνε την εγκατάσταση σε κοιλάδα ποταμού διαφορετική από εκείνη του Τζέιμς. Το 1714 άρχισε να αναζητά μετανάστες από τη Ρηνανία-Παλατινάτο και την Ελβετία για να εγκατασταθούν σε εκτάσεις που ήλεγχε κοντά στο σημείο όπου συναντιόντουσαν ο Ραπαχάννοκ και ο Ραπίνταν. Τα χωριά αυτά, γνωστά ως οικισμός (ή οικισμοί) Germanna, ιδρύθηκαν με σκοπό την εκμετάλλευση των κοιτασμάτων σιδηρομεταλλεύματος της περιοχής.
Η μάχη του ποταμού Rappahannock διεξήχθη στον ποταμό κατά τη διάρκεια του πολέμου του 1812. Δεκαεπτά βρετανικά σκάφη γεμάτα με εκατοντάδες πεζοναύτες και ναύτες αιχμαλώτισαν τέσσερα αμερικανικά ιδιωτικά πλοία.
Κατά τη διάρκεια του αμερικανικού εμφυλίου πολέμου, ο ποταμός, με λίγες βολικές διαβάσεις και λιγότερες γέφυρες, αποτελούσε φράγμα και αμυντική γραμμή. Πίσω από αυτή τη γραμμή τα στρατεύματα δεν είχαν μεγάλο φόβο για επίθεση από την πλευρά του ποταμού. Ήταν ένα ιδιαίτερα δύσκολο εμπόδιο για τα στρατεύματα της Ένωσης να το ξεπεράσουν στην προσπάθειά τους να προωθηθούν στη νότια Βιρτζίνια. Ο έλεγχος του ποταμού άλλαξε χέρια πολλές φορές κατά τη διάρκεια του πολέμου. Σημαντικές μάχες που διεξήχθησαν κατά μήκος του ποταμού περιλαμβάνουν τη μάχη του Φρέντερικσμπεργκ και τη μάχη του Rappahannock Station. Η αμυντική γραμμή στον ποταμό παρακάμφθηκε τελικά από τον Οδυσσέα Σ. Γκραντ στην εκστρατεία Wilderness (ή Overland) του 1864, η οποία κατέληξε στην τελική νίκη της Ένωσης.
Σε ορισμένα έγγραφα του 18ου και του 19ου αιώνα, συμπεριλαμβανομένων ορισμένων αρχείων του Εμφυλίου Πολέμου, ο ποταμός Ραπαχάννοκ αναφέρεται ως "Ποταμός του Χέτζμαν" Σε μια έρευνα του 1736-1737 ο ποταμός Ραπαχάννοκ πάνω από τις εκβολές του Ραπίνταν χαρακτηρίζεται ως "Cannon", ενώ πιο πάνω στο ρεύμα προσδιορίζεται ως "Ποταμός του Χέτζμαν", που πήρε το όνομά του από τον Ναθάνιελ Χέτζμαν, έναν πρώιμο οικιστή της περιοχής.