Αφού μετακόμισε στο Λος Άντζελες, ο Whedon βρήκε την πρώτη του δουλειά ως σεναριογράφος στην τηλεοπτική σειρά Roseanne. Αφού εργάστηκε για αρκετά χρόνια σε σενάρια ταινιών, επέστρεψε στην τηλεόραση, όπου δημιούργησε τρεις τηλεοπτικές σειρές. Ο Joss είχε μερικά cameos (σύντομες "διασκεδαστικές" εμφανίσεις) στις σειρές Buffy, Angel και Firefly. Έχει επίσης συμμετάσχει σε ένα επεισόδιο της σειράς Veronica Mars.
Ο Whedon λέγεται ότι είναι ο πρώτος τηλεοπτικός συγγραφέας τρίτης γενιάς στον κόσμο. Ο πατέρας του είναι ο Tom Whedon, σεναριογράφος για το The Electric Company τη δεκαετία του 1970 και το The Golden Girls τη δεκαετία του 1980. Ο παππούς του είναι ο John Whedon, σεναριογράφος για το The Donna Reed Show τη δεκαετία του 1950. Ο αδελφός του, ο Zack Whedon, είναι σεναριογράφος στο Deadwood του HBO.
Buffy the Vampire Slayer
Η ταινία Buffy the Vampire Slayer, που γυρίστηκε από τον σκηνοθέτη Fran Rubel Kuzui μετά από σενάριο του Whedon, δεν άρεσε πολύ στους κριτικούς και το κοινό. Χρόνια μετά, ο Whedon ξαναπήρε την ιδέα του και τη μετέτρεψε σε μια εξαιρετικά επιτυχημένη τηλεοπτική σειρά, που επίσης ονομαζόταν Buffy the Vampire Slayer.
Το επεισόδιο "Hush" (γραμμένο από τον Whedon) απέσπασε υποψηφιότητα για βραβείο Emmy για το καλύτερο σενάριο σε δραματική σειρά το 2000. Ένα άλλο επεισόδιο που πήρε υποψηφιότητα για βραβείο Emmy ήταν το "Once More, With Feeling", σε σενάριο και σκηνοθεσία Whedon. Αυτό ήταν ένα μουσικό επεισόδιο, στο οποίο οι ηθοποιοί τραγουδούσαν και χόρευαν.
Η σειρά προβλήθηκε στο The WB Network για πέντε σεζόν και στη συνέχεια μεταφέρθηκε στο UPN για τις δύο τελευταίες σεζόν. Ήταν η πρώτη σειρά στην ιστορία της τηλεόρασης που άλλαξε δίκτυο μεταξύ των σεζόν χωρίς να ακυρωθεί και στη συνέχεια να αναληφθεί από άλλο δίκτυο. Αν και το Buffy προβλήθηκε αρχικά τις Δευτέρες στις 21:00, από τα μέσα της δεύτερης σεζόν έτρεχε τις Τρίτες στις 20:00. Στο μουσικό επεισόδιο, η Μπάφυ κάνει το σχόλιο: "Η Ντον έχει πρόβλημα. Πρέπει να είναι Τρίτη".
Άγγελος
Το Angel ήταν ένα spin-off του Buffy the Vampire Slayer. Η σειρά πήρε το όνομά της από τον φίλο της Μπάφυ, βαμπίρ με ψυχή. Δημιουργήθηκε από τον Whedon και τον David Greenwalt. Ο Tim Minear βοήθησε επίσης κατά καιρούς. Η σειρά προβλήθηκε για πρώτη φορά τον Σεπτέμβριο του 1999 στο WB και προβαλλόταν μετά το Buffy τα βράδια της Τρίτης. Όταν το Buffy άλλαξε δίκτυο το 2001, το Angel προβλήθηκε σε διάφορες ώρες. Το τελευταίο επεισόδιο της σειράς παρακολούθησαν περισσότεροι άνθρωποι από το τελευταίο επεισόδιο του Buffy. Ο Joss Whedon συμμετείχε για λίγο στη σειρά ως χαρακτήρας "Numfar" στη δεύτερη σεζόν της. Η WB διέκοψε τη σειρά τον Μάιο του 2004, ενώ βρισκόταν στην πέμπτη σεζόν της. Καθώς ο Whedon δεν είχε σχεδιάσει να τελειώσει το Angel, αναγκάστηκε να αλλάξει την ιστορία και το τέλος τόσο της τελευταίας σεζόν όσο και της σειράς.
Πυγολαμπίδα
Η σειρά Firefly δεν κύλησε ομαλά. Το Fox την ακύρωσε το 2002, αφού έβγαλε στον αέρα μόνο 11 από τα 14 επεισόδια και τα έβγαλε εκτός σειράς. Ο αρχικός δίωρος πιλότος ήταν το τελευταίο επεισόδιο που προβλήθηκε. Το συμβόλαιο με τη Fox δεν επέτρεπε την προβολή της σειράς από άλλο δίκτυο. Εξαιτίας του τρόπου με τον οποίο η Fox χειρίστηκε το Firefly, ο Whedon δήλωσε ότι δεν πρόκειται να συνεργαστεί ξανά με τη Fox, σε καμία περίπτωση.
Ο Whedon έγραφε ένα κινηματογραφικό σενάριο για τη σειρά Firefly για τα Universal Studios. Όταν η τηλεοπτική σειρά κυκλοφόρησε σε DVD, οι πωλήσεις του DVD ήταν αρκετά καλές ώστε να εξασφαλιστεί η παραγωγή της ταινίας. Στις αρχές του 2004 ο Whedon δήλωσε ότι η ταινία Firefly είχε γίνει δεκτή από την Universal και τα γυρίσματα ξεκίνησαν τον Ιούλιο του 2004. Η ταινία, με τίτλο Serenity, βγήκε στις κινηματογραφικές αίθουσες των Ηνωμένων Πολιτειών στις 30 Σεπτεμβρίου 2005. Άρεσε πολύ στους κριτικούς και τους θαυμαστές, αλλά δεν έβγαλε πολλά χρήματα στις αίθουσες.
Κουκλόσπιτο
Αν και ο Whedon είχε πει ότι δεν θα συνεργαζόταν ξανά με τη Fox, ανακοινώθηκε την 1η Νοεμβρίου 2007 ότι αυτό άλλαξε. Ο Whedon προσλήφθηκε για να δημιουργήσει επτά επεισόδια μιας νέας σειράς με το όνομα Dollhouse και πρωταγωνίστρια την Eliza Dushku. Η Dushku και ο Whedon έχουν συνεργαστεί ξανά στο παρελθόν στο Buffy. Η σειρά αφορά ανθρώπους στους οποίους έχουν τοποθετηθεί μνήμες, δεξιότητες, ακόμη και ολοκληρωμένες προσωπικότητες στο μυαλό τους για ειδικές εργασίες. Μετά τη δουλειά, το μυαλό τους διαγράφεται μέχρι την επόμενη δουλειά. Το Dollhouse αφηγείται την ιστορία του χαρακτήρα της Dushku, Echo, καθώς αρχίζει να θυμάται πράγματα για τον εαυτό της, παρόλο που το μυαλό της σβήνεται συνεχώς. Η σειρά αφορά την προσπάθειά της να μάθει ποια είναι πραγματικά.
Το Dollhouse προβλήθηκε για πρώτη φορά στις 13 Φεβρουαρίου 2009.