Υπάρχουν πολλοί διαφορετικοί τύποι εμβολίων.
Ένας κοινός τύπος εμβολίου είναι το "ζωντανό εμβόλιο". Αυτός ο τύπος εμβολίου περιέχει μικρή ποσότητα ζωντανού ιού ή βακτηρίου. Πριν από τη χορήγηση του εμβολίου, οι επιστήμονες αποδυναμώνουν τον ιό ή το βακτήριο ώστε να μην μπορεί να αρρωστήσει ένα άτομο. Όταν ένα άτομο λαμβάνει ένα ζωντανό εμβόλιο, το ανοσοποιητικό του σύστημα μαθαίνει να αναγνωρίζει και να καταπολεμά αυτόν τον ιό ή το βακτήριο. Στη συνέχεια, εάν το άτομο εκτεθεί στον ιό ή το βακτήριο στο μέλλον, το ανοσοποιητικό του σύστημα θα "ξέρει" ήδη πώς να το καταπολεμήσει. Παραδείγματα ζωντανών εμβολίων είναι τα εμβόλια για την ιλαρά, την παρωτίτιδα και την ανεμοβλογιά.
Ένας άλλος κοινός τύπος εμβολίου είναι το "αδρανοποιημένο εμβόλιο". Αυτά τα εμβόλια περιέχουν νεκρούς ιούς ή βακτήρια. Αυτά δεν προκαλούν την αντίδραση του ανοσοποιητικού συστήματος τόσο έντονα όσο τα ζωντανά εμβόλια. Εξαιτίας αυτού, οι άνθρωποι μπορεί να χρειάζονται "αναμνηστικά εμβόλια" - επιπλέον δόσεις του εμβολίου, που χορηγούνται σε συγκεκριμένες χρονικές περιόδους, ώστε το ανοσοποιητικό τους σύστημα να "μάθει" πώς να καταπολεμά τη λοίμωξη. Παραδείγματα αδρανοποιημένων εμβολίων είναι τα εμβόλια για τον κοκκύτη (κοκκύτης), τη λύσσα και την ηπατίτιδα Β.
Σε άλλα εμβόλια, μόνο ένα πρωτεϊνικό μόριο από τον ιό ή το βακτήριο εγχέεται στον ασθενή. Η πρωτεΐνη είναι αρκετή για να αναγνωρίσει το ανοσοποιητικό σύστημα του ασθενούς ολόκληρο το μικρόβιο.
Με τα εμβόλια αγγελιοφόρου RNA, μόνο το αγγελιοφόρο RNA (mRNA), το οποίο λειτουργεί ως σχέδιο ή συνταγή για την πρωτεΐνη, εγχέεται στον ασθενή. Τα πρώτα εμβόλια mRNA παρασκευάστηκαν τη δεκαετία του 1990, αλλά οι επιστήμονες δεν έφτιαξαν μεγάλο αριθμό εμβολίων μέχρι τη δεκαετία του 2010. Ορισμένα εμβόλια mRNA λειτουργούν κατά του καρκίνου και μπορούν να κάνουν τους όγκους μικρότερους.
Οι επιστήμονες μπορούν να παρασκευάσουν ορισμένους τύπους εμβολίων στο εργαστήριο.