Ο πατέρας του Μπρούκνερ ήταν οργανίστας και δάσκαλος σε ένα μικρό χωριό της Αυστρίας. Από την ηλικία των τεσσάρων ετών ο Μπρούκνερ έδειχνε μουσικό ταλέντο. Έπαιζε μελωδίες ύμνων σε ένα μικροσκοπικό βιολί και στη συνέχεια έβρισκε τις αντίστοιχες συγχορδίες στο οικογενειακό σπινέτο. Στα δέκα του χρόνια έπαιζε μερικές φορές το εκκλησιαστικό όργανο του χωριού. Μετά τον θάνατο του πατέρα του το 1837 έγινε χορωδός στο σχολείο του μοναστηριού του Αγίου Φλωριάν, όπου το 1848 έγινε οργανίστας της εκκλησίας του αβαείου. Εκείνη την εποχή άρχισε να συνθέτει και έγραψε ένα Ρέκβιεμ σε ρε ελάσσονα. Του άρεσε η μουσική του Σούμπερτ και του Μέντελσον και επηρέασαν τον τρόπο που συνέθετε.
Παρόλο που ήταν ευτυχισμένος στο St Florian, οι φίλοι του του είπαν ότι έπρεπε να αναζητήσει μια καλύτερη δουλειά. Τον έκαναν να υποβάλει αίτηση για τη θέση του οργανίστα στον καθεδρικό ναό του Λιντς, την οποία και πήρε εύκολα. Εν τω μεταξύ, προσπαθούσε να μάθει περισσότερα για την αρμονία και παρακολούθησε μαθήματα με έναν διάσημο δάσκαλο, τον Simon Sechter. Στη συνέχεια παρακολούθησε μαθήματα ενορχήστρωσης με τον δάσκαλο Otto Kitzler. Ενδιαφέρθηκε πολύ για τη μουσική ρομαντικών συνθετών όπως ο Λιστ, ο Μπερλιόζ και κυρίως ο Βάγκνερ. Το 1864 έγραψε μια Λειτουργία σε ρε ελάσσονα για χορωδία και ορχήστρα, η οποία έδειχνε ξεκάθαρα την επιρροή του Βάγκνερ. Το 1866 ολοκλήρωσε την πρώτη από τις εννέα συμφωνίες του. Έγραψε επίσης μερικά πολύ όμορφα μοτέτα, τα οποία συγκαταλέγονται στην καλύτερη μουσική του 19ου αιώνα που γράφτηκε για τη ρωμαιοκαθολική εκκλησία.
Το 1866 πέρασε τρεις μήνες σε σανατόριο μετά από νευρική κατάρρευση. Κατά τη διάρκεια των μεταγενέστερων χρόνων του υπέφερε συχνά από κατάθλιψη.
Το 1868 έγινε καθηγητής στο Ωδείο της Βιέννης, όπου δίδαξε αρμονία και αντίστιξη. Αυτή ήταν μια εξαιρετική δουλειά. Τα τελευταία 25 χρόνια της ζωής του αφιέρωσε το χρόνο του στη διδασκαλία και στη σύνθεση των συμφωνιών του. Επίσης, ταξίδευε και έδινε ρεσιτάλ εκκλησιαστικού οργάνου στην Παναγία των Παρισίων στο Παρίσι και στο Royal Albert Hall και στο Crystal Palace στο Λονδίνο.
Η μουσική του ήταν πολύ μοντέρνα για την εποχή του και δεν άρεσε σε κάποιους, συμπεριλαμβανομένου του διάσημου μουσικοκριτικού Eduard Hanslick. Ο Hanslick είπε ότι ο Μπρούκνερ συνέθετε όπως ο Βάγκνερ, αλλά παρόλο που ο Μπρούκνερ είχε μάθει από τον Βάγκνερ δεν τον αντέγραψε απλώς. Η μουσική του Μπρούκνερ δείχνει τη δική του ισχυρή προσωπικότητα. Ο Hanslick, ο οποίος προτιμούσε τις συμφωνίες του Brahms, έκανε μεγάλο κακό στον Bruckner γράφοντας κακές κριτικές για τη μουσική του. Ήταν κοσμήτορας του μουσικού τμήματος του πανεπιστημίου της Βιέννης και δεν ήθελε να διοριστεί ο Μπρούκνερ λέκτορας στο πανεπιστήμιο. Ωστόσο, ο Μπρούκνερ πήρε αυτή τη θέση το 1875. Έγινε όλο και πιο διάσημος, ιδίως αφότου ο μεγάλος μαέστρος Arthur Nikisch διηύθυνε την πρώτη εκτέλεση της Συμφωνίας του αρ. 7 στο Gewandhaus της Λειψίας το 1884. Του απονεμήθηκαν πολλές τιμητικές διακρίσεις. Τη στιγμή του θανάτου του δεν είχε ακόμη ολοκληρώσει τη Συμφωνία αρ. 9. Ενταφιάστηκε στον Άγιο Φλόριαν.