Τα ζώα της Νέας Ζηλανδίας έχουν μια ασυνήθιστη ιστορία. Το κυριότερο που πρέπει να γνωρίζουμε είναι ότι τα νησιά αποτελούσαν μέρος της Γκοντβάνα, από την οποία διαχωρίστηκαν πριν από 84 εκατομμύρια χρόνια (mya). Η Νέα Ζηλανδία έχει κάποια ζώα και φυτά που επιβιώνουν από εκείνη την εποχή, καθώς και πουλιά που πέταξαν εκεί πολύ αργότερα. Τα νησιά είναι γνωστά για τα χερσαία πουλιά τους, μερικά από τα οποία ήταν μεγάλα είδη (τα μοα). Για εκατομμύρια χρόνια τα νησιά δεν είχαν κανένα ντόπιο σαρκοφάγο θηλαστικό και τα μόα είχαν ως μοναδικά αρπακτικά άλλα πουλιά, όπως ο γιγάντιος αετός του Χάαστ.

Οι άνθρωποι έφτασαν στη Νέα Ζηλανδία πριν από λιγότερο από 1.300 χρόνια. Εκείνη την εποχή τα μόνα θηλαστικά της χώρας ήταν οι νυχτερίδες (που πετούσαν εκεί) και τα πτεροπόδαρα και τα θαλάσσια λιοντάρια (που κολυμπούσαν εκεί). Αυτό σήμαινε ότι όλες οι οικολογικές θέσεις που καταλάμβαναν τα θηλαστικά σε άλλες χώρες καταλαμβάνονταν στη Νέα Ζηλανδία είτε από έντομα είτε από πουλιά. Εξαιτίας αυτού, η χώρα έχει έναν ασυνήθιστα μεγάλο αριθμό πτηνών χωρίς πτήση, από τα οποία επιβιώνουν μόνο το ακτινίδιο, και το κακάπο.

Λόγω της έλλειψης θηρευτών, ακόμη και οι νυχτερίδες περνούν τον περισσότερο χρόνο τους στο έδαφος. Υπάρχουν επίσης περίπου 60 είδη σαύρας (30 είδη γκέκο και 30 είδη σκίνκ) και τέσσερα είδη βατράχων (όλα σπάνια και απειλούμενα). Υπάρχουν δύο είδη τουατάρας, του Sphenodon, του μοναδικού επιζώντος ερπετού της τάξης του. Αυτά τα ζωντανά απολιθώματα είναι ερπετά ενός τύπου που άκμασε πριν από 200 εκατομμύρια χρόνια. Κατά τη χαρτογράφηση του γονιδιώματός του, ανακαλύφθηκε ότι το είδος διαθέτει πέντε έως έξι δισεκατομμύρια ζεύγη βάσεων αλληλουχίας DNA. Το ερπετό ζει πλέον μόνο στα νησιά στο στενό Κουκ και στον κόλπο του Πλέντι.

Οι άνθρωποι έφεραν μαζί τους τον πολυνησιακό αρουραίο (Kiore) και τον σκύλο. Οι Ευρωπαίοι έφεραν αργότερα τα εξημερωμέναζώα τους. Από αυτά, οι αρουραίοι, τα κουνάβια, οι γάτες, οι στρουθοκάμηλοι και οι σκύλοι είχαν σοβαρές επιπτώσεις στα αρχικά ζώα της Νέας Ζηλανδίας. Έχουν οδηγήσει πολλά είδη στην εξαφάνιση. Τα πόσουμ εισήχθησαν αργότερα από την Αυστραλία για τη βιομηχανία γούνας και τα ελάφια από την Ευρώπη ως ζώα για κυνήγι. Και τα δύο έβλαψαν σοβαρά το δασικό περιβάλλον πολλών πτηνών.

Τα τελευταία χρόνια οι άνθρωποι καταβάλλουν προσπάθειες για την απομάκρυνση των θηλαστικών από τις ακτές, είτε πρόκειται για μεγάλα είτε για μικρά ζώα. Σε ορισμένα μέρη της ηπειρωτικής χώρας, τα θηλαστικά εξαλείφονται εντελώς μέσα σε περιφραγμένες περιοχές για να δημιουργηθούν "οικολογικά νησιά". Παραδείγματα είναι το Καταφύγιο Άγριας Ζωής Karori στην πόλη Wellington, από το οποίο απομακρύνθηκε περίπου ένας τόνος νεκρών πόσουμ μετά την τοποθέτηση ενός φράχτη που προστατεύει τα θηλαστικά, και το Πρόγραμμα Αποκατάστασης Maungatautari.