Χαρακτηριστικά χωρίς λειτουργία
Δεν είναι όλα τα χαρακτηριστικά ενός οργανισμού προσαρμογές. Μπορεί να χρειαστούν έρευνες πεδίου ή πειράματα για να διαπιστωθεί αν έχουν κάποια λειτουργία στη ζωή του είδους.
Οι προσαρμογές τείνουν να αντανακλούν την προηγούμενη ζωή ενός είδους. Εάν ένα είδος έχει αλλάξει πρόσφατα τον τρόπο ζωής του, μια άλλοτε πολύτιμη προσαρμογή μπορεί να γίνει ένα φθίνον απομεινάρι. Τα ζώα που ζουν σε σκοτεινές σπηλιές συχνά χάνουν, για μεγάλο χρονικό διάστημα, τα χρώματα και την όρασή τους.
Οι λόγοι γι' αυτό μπορεί να ποικίλλουν. Η απώλεια της δομής και της λειτουργίας μπορεί να είναι μια θετική προσαρμογή που εξοικονομεί ενέργεια και υλικά. Μπορεί όμως να είναι απλώς ένα υποπροϊόν γονιδίων που επιλέγονται για άλλες λειτουργίες (πλειοτροπία). Ή η δομή μπορεί να συνδέεται κατά την ανάπτυξη και να επηρεάζεται από την επιλογή για κάποια άλλη δομή.
Είναι γενικός κανόνας ότι οι προσαρμογές που δεν είναι πλέον χρήσιμες είτε μετατρέπονται σε υποτυπώδηόργανα (βλ. σκωληκοειδής απόφυση) είτε επιλέγονται και προσαρμόζονται σε άλλες λειτουργίες (βλ. οστάρια αυτιού).
Προσαρμογές με πολλαπλές λειτουργίες
Πολλές προσαρμογές εξυπηρετούν περισσότερες από μία λειτουργίες. Αυτός είναι συχνά ο λόγος για τον οποίο ορισμένα χαρακτηριστικά γίνονται τόσο αξιοσημείωτα που σχεδόν καθορίζουν το συγκεκριμένο είδος. Τα πόδια ενός αλόγου αποτελούν επίσης μια κύρια άμυνα: η κλωτσιά ενός αλόγου είναι πολύ καταστροφική. Τα κέρατα των αρσενικών ελαφιών εξυπηρετούν μια σεξουαλική λειτουργία καθώς και μια άμυνα κατά των θηρευτών. Ο μεγάλος εγκέφαλος του ανθρώπου χρησιμεύει όχι μόνο για τη γλώσσα, αλλά και για τη σκέψη και την επίλυση προβλημάτων. Τα φτερά των πουλιών δεν χρησιμοποιούνται μόνο για να πετούν- αποτελούν τη βάση της διατήρησης της θερμότητας, της ρύθμισης της θερμοκρασίας και της σηματοδότησης.
Συμβιβασμός και σύγκρουση μεταξύ των προσαρμογών
Είναι μια βαθιά αλήθεια ότι η Φύση δεν ξέρει καλύτερα- ότι η γενετική εξέλιξη... είναι μια ιστορία σπατάλης, πρόχειρου, συμβιβασμού και γκάφας. Peter Medawar.
Οι προσαρμογές δεν είναι ποτέ τέλειες. Υπάρχουν πάντα συμβιβασμοί μεταξύ των διαφόρων λειτουργιών και δομών ενός σώματος. Ο οργανισμός στο σύνολό του είναι αυτός που ζει και αναπαράγεται, επομένως το σύνολο των προσαρμογών είναι αυτό που μεταβιβάζεται στις μελλοντικές γενιές.
Όλες οι προσαρμογές έχουν ένα μειονέκτημα: τα πόδια των αλόγων είναι ιδανικά για να τρέχουν στο γρασίδι, αλλά δεν μπορούν να ξύσουν την πλάτη τους- οι τρίχες των θηλαστικών βοηθούν στη ρύθμιση της θερμοκρασίας, αλλά προσφέρουν μια θέση για τα εκτοπαράσιτα. Ο συμβιβασμός και η πρόχειρη λύση εμφανίζονται ευρέως, όχι η τελειότητα. Οι πιέσεις επιλογής έλκουν προς διαφορετικές κατευθύνσεις, και η προσαρμογή που προκύπτει είναι κάποιου είδους συμβιβασμός.
Δεδομένου ότι ο φαινότυπος στο σύνολό του είναι ο στόχος της επιλογής, είναι αδύνατο να βελτιωθούν ταυτόχρονα όλες οι πτυχές του φαινοτύπου στον ίδιο βαθμό. Ernst Mayr. p589
Παγώνια
Το καμουφλάζ για την αποφυγή της ανίχνευσης καταστρέφεται όταν εμφανίζονται έντονα χρώματα την ώρα του ζευγαρώματος. Εδώ ο κίνδυνος για τη ζωή εξισορροπείται από την ανάγκη για αναπαραγωγή. Η διακοσμητική αμαξοστοιχία του παγωνιού (που αναπτύσσεται εκ νέου για κάθε περίοδο ζευγαρώματος) είναι μια διάσημη προσαρμογή. Πρέπει να μειώσει την ικανότητα ελιγμών και πτήσης του και είναι εξαιρετικά εμφανές- επίσης, η ανάπτυξή του κοστίζει σε πόρους τροφής.
Η εξήγηση του Δαρβίνου για το πλεονέκτημά του ήταν η σεξουαλική επιλογή: "εξαρτάται από το πλεονέκτημα που έχουν ορισμένα άτομα έναντι άλλων ατόμων του ίδιου φύλου και είδους, σε σχέση με την αναπαραγωγή". Το είδος της σεξουαλικής επιλογής που αντιπροσωπεύει το παγώνι ονομάζεται "επιλογή συντρόφου", που σημαίνει ότι η διαδικασία επιλέγει τους πιο κατάλληλους έναντι των λιγότερο κατάλληλων, και έτσι έχει αξία επιβίωσης. Στην πράξη, το μπλε παγώνι Pavo cristatus είναι ένα αρκετά επιτυχημένο είδος, με μεγάλη φυσική εξάπλωση στην Ινδία, οπότε το συνολικό αποτέλεσμα του συστήματος ζευγαρώματος είναι αρκετά βιώσιμο.
Ανθρώπινη γέννηση
Το μέγεθος του ανθρώπινου εμβρυϊκού εγκεφάλου κατά τη γέννηση σημαίνει ότι ο εγκέφαλος ενός νεογέννητου παιδιού είναι αρκετά ανώριμος. Ο εγκέφαλος του νεογέννητου δεν μπορεί να είναι μεγαλύτερος από περίπου 400 κυβικά εκατοστά, διαφορετικά δεν θα μπορέσει να περάσει από τη λεκάνη της μητέρας. Ωστόσο, το μέγεθος που απαιτείται για έναν ενήλικο εγκέφαλο είναι περίπου 1400ccs.
Τα πιο ζωτικά πράγματα στην ανθρώπινη ζωή (κίνηση, ομιλία) πρέπει να περιμένουν μέχρι ο εγκέφαλος να αναπτυχθεί και να ωριμάσει. Αυτό είναι το αποτέλεσμα του συμβιβασμού της γέννησης. Μεγάλο μέρος του προβλήματος προέρχεται από την όρθια δίποδη στάση μας, χωρίς την οποία η λεκάνη μας θα μπορούσε να διαμορφωθεί πιο κατάλληλα για τη γέννηση. Οι Νεάντερταλ είχαν παρόμοιο πρόβλημα.
Μεταβολή της λειτουργίας με την πάροδο του χρόνου
Η λειτουργία ενός χαρακτηριστικού μπορεί να αλλάξει, και συχνά αλλάζει, με την πάροδο του χρόνου. Έχουν χρησιμοποιηθεί διάφοροι όροι για να το περιγράψουν αυτό: προπροσαρμογή, εξαναγκασμός, συνυπολογισμός. Η "προπροσαρμογή" είναι ο πιο συνηθισμένος όρος που χρησιμοποιείται όταν μια προϋπάρχουσα δομή ή γνώρισμα που κληρονομήθηκε από έναν πρόγονο εξελίσσει μια διαφορετική λειτουργία. Ήταν ο όρος που χρησιμοποιήθηκε από τον Julian Huxley και τον Ernst Mayr. Ο όρος "προ" δεν σημαίνει κάποια πρόβλεψη, σημαίνει απλώς ότι η προσαρμογή ήταν ήδη διαθέσιμη, εξυπηρετώντας κάποια παλαιότερη λειτουργία. 'Εξάπλωση' ήταν η λέξη του Stephen J. Gould.
Ένα παράδειγμα προ-προσαρμογής είναι οι δεινόσαυροι, οι οποίοι ανέπτυξαν φτερά με τη λειτουργία της θερμομόνωσης και της επίδειξης πολύ πριν χρησιμοποιηθούν για την πτήση από τα πρώτα πτηνά. Οι ιδρωτοποιοί αδένες στα θηλαστικά μετατράπηκαν αργότερα σε μαστικούς αδένες. Ένα άλλο παράδειγμα είναι η μακρά διαδρομή των οστεοειδών του αυτιού των θηλαστικών, τα οποία ξεκίνησαν από τα καλύμματα των βράγχιων των αρχαίων ψαριών, στη συνέχεια έγιναν μέρος της κάτω γνάθου των ερπετών και στη συνέχεια έγιναν μέρος του εσωτερικού αυτιού των θηλαστικών. Ένα άλλο παράδειγμα είναι τα φτερά των πιγκουίνων. Κάποτε χρησιμοποιούνταν για το πέταγμα, τώρα χρησιμοποιούνται για το "πέταγμα" κάτω από το νερό.
Η αλλαγή της λειτουργίας των οργάνων και των δομών είναι εξαιρετικά συχνή στην εξέλιξη. Πολλά από τα χαρακτηριστικά των τετραπόδων (χερσαία σπονδυλωτά) εξελίχθηκαν από χαρακτηριστικά με διαφορετικές λειτουργίες στα προγονικά λοβοπτερύγια ψάρια (Sarcopterygii).