Ο πατέρας του Locke, ο οποίος ονομαζόταν επίσης John Locke, ήταν δικηγόρος στην επαρχία. Είχε υπηρετήσει ως λοχαγός στις αρχές του
αγγλικού εμφυλίου πολέμου. Η μητέρα του, Agnes Keene, ήταν κόρη
βυρσοδέψη και θεωρούνταν πολύ όμορφη. Τόσο η μητέρα όσο και ο πατέρας του ήταν
πουριτανοί. Ο Λοκ γεννήθηκε στις 29 Αυγούστου 1632, σε ένα εξοχικό σπίτι δίπλα στην εκκλησία στο Γουίνγκτον του Σόμερσετ, περίπου δώδεκα μίλια από
το Μπρίστολ.
Βαπτίστηκε όταν γεννήθηκε
. Μετά από αυτό, η οικογένειά του μετακόμισε σύντομα στο Πένσφορντ.
Το 1647, ο Locke στάλθηκε στο Westminster School στο Λονδίνο. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου χρηματοδοτήθηκε από τον Αλεξάντερ Πόφαμ, μέλος του Κοινοβουλίου. Αφού ολοκλήρωσε τις σπουδές του εκεί, μπήκε στο Christ Church. Αν και ο Λοκ ήταν καλός μαθητής, δεν του άρεσε το πρόγραμμα του χρόνου που περνούσε εκεί. Δεν του άρεσαν τα κλασικά μαθήματα που διδάσκονταν στο πανεπιστήμιο και ήθελε να μάθει περισσότερα για τη σύγχρονη φιλοσοφία. Μέσω του φίλου του Ρίτσαρντ Λάουερ, τον οποίο είχε γνωρίσει στη σχολή, ο Λοκ έμαθε για την ιατρική.
Ο Locke απέκτησε πτυχίο το 1656 και μεταπτυχιακό το 1658. Το 1666, γνώρισε τον λόρδο Άντονι Άσλεϊ Κούπερ, ο οποίος είχε έρθει στην Οξφόρδη αναζητώντας θεραπεία για την ασθένεια του ήπατός του. Ο Κούπερ εντυπωσιάστηκε από τον Λοκ και του ζήτησε να έρθει.
Ο Locke έψαχνε για δουλειά και το 1667 μετακόμισε στο σπίτι του Shaftesbury στο Exeter House στο Λονδίνο, για να υπηρετήσει ως προσωπικός γιατρός του λόρδου Ashley. Στο Λονδίνο, ο Λοκ συνέχισε τις σπουδές του στην ιατρική.
Οι ιατρικές γνώσεις του Locke δοκιμάστηκαν όταν η ηπατική νόσος του Shaftesbury επιδεινώθηκε, μέχρι που ο Shaftesbury ήταν έτοιμος να πεθάνει. Ο Λοκ χρησιμοποίησε τις συμβουλές πολλών γιατρών και έπεισε τον Σάφτεσμπερι να προχωρήσει σε εγχείρηση. Ο Shaftesbury έζησε την επέμβαση και ευχαρίστησε τον Locke που του έσωσε τη ζωή.
Ο Shaftesbury, ως μέλος του κινήματος των Whig, άσκησε μεγάλη επιρροή στις πολιτικές ιδέες του Locke. Ωστόσο, αφού ο Shaftesbury άρχισε να χάνει την εύνοιά του το 1675, ο Locke αποφάσισε να ταξιδέψει στη Γαλλία. Επέστρεψε στην Αγγλία το 1679. Εκείνη την εποχή, λόγω της επιμονής του Σάφτεσμπερι, ο Λοκ έγραψε τις Δύο Πραγματείες της Κυβέρνησης. Αν και κάποτε θεωρήθηκε ότι ο Λοκ έγραψε τις Πραγματείες για να υπερασπιστεί την Ένδοξη Επανάσταση του 1688, η πρόσφατη μελέτη έδειξε ότι το έργο γράφτηκε πριν καν αρχίσει αυτή.
Ωστόσο, ο Λοκ έφυγε για τις Κάτω Χώρες το 1683. Αυτό συνέβη επειδή ο κόσμος άρχισε να υποψιάζεται ότι εμπλέκεται στη συνωμοσία του Rye House για τη δολοφονία του βασιλιά Κάρολου Β' της Αγγλίας. Στην Ολλανδία, ο Λοκ είχε χρόνο να επιστρέψει στη συγγραφή του, ξοδεύοντας πολύ χρόνο για να ξαναδουλέψει το Δοκίμιο. Ο Λοκ δεν επέστρεψε στην πατρίδα του παρά μόνο μετά την Ένδοξη Επανάσταση. Ο Λοκ επέστρεψε στην Αγγλία με τη σύζυγο του Γουλιέλμου της Οράγγης το 1688.
Η στενή φίλη του Locke, η Lady Masham, τον προσκάλεσε να την συναντήσει στο εξοχικό σπίτι των Mashams στο Essex. Αν και ο χρόνος του εκεί σημαδεύτηκε από μεταβλητή υγεία λόγω κρίσεων άσθματος, εντούτοις έγινε διανοητικός ήρωας των Ουίγγων. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου συζήτησε θέματα με προσωπικότητες όπως ο Τζον Ντράιντεν και ο Ισαάκ Νεύτων.
Πέθανε στις 28 Οκτωβρίου 1704 και είναι θαμμένος στο νεκροταφείο του χωριού High Laver, ανατολικά του Harlow στο Essex, όπου ζούσε στο σπίτι του Sir Francis Masham από το 1691. Ο Locke δεν παντρεύτηκε ποτέ ούτε απέκτησε παιδιά.
Στα γεγονότα που συνέβησαν κατά τη διάρκεια της ζωής του Λοκ περιλαμβάνονται η αγγλική παλινόρθωση, ο μεγάλος λοιμός του Λονδίνου και η μεγάλη πυρκαγιά του Λονδίνου. Δεν είδε ακριβώς τις Πράξεις της Ένωσης του 1707, αν και οι θρόνοι της Αγγλίας και της Σκωτίας βρίσκονταν σε προσωπική ένωση καθ' όλη τη διάρκεια της ζωής του. Η συνταγματική μοναρχία και η κοινοβουλευτική δημοκρατία βρίσκονταν στα σπάργανα κατά την εποχή του Λοκ.
