Τα παλαιότερα γνωστά απολιθώματα ανθρωποειδών από τις Φιλιππίνες προέρχονται από τον Homo luzonensis, ένα εξαφανισμένο είδος αρχαϊκών ανθρώπων του γένους
Homo. Είναι ηλικίας περίπου 67.000 ετών.
Έχουν βρεθεί ανθρώπινα απολιθώματα που αποδεικνύουν ότι ο σύγχρονος Homo sapiens εγκαταστάθηκε στις Φιλιππίνες για χιλιάδες χρόνια. Οι Νεγρίτες διέσχισαν προϊστορική γη ή πάγο για να εγκατασταθούν στη γη των νησιών. Την πρώτη χιλιετία άρχισαν να έρχονται στις Φιλιππίνες πολλές ομάδες αυστρονησιακών πληθυσμών, οι οποίες έσπρωξαν τον ιθαγενή πληθυσμό στο εσωτερικό ή ίσως τους απορρόφησαν μέσω γάμων.
Κινέζοι έμποροι έφτασαν τον 8ο αιώνα. Η άνοδος ισχυρών βουδιστικών βασιλείων επέτρεψε το εμπόριο με το ινδονησιακό αρχιπέλαγος, την Ινδία, την Ιαπωνία και τη Νοτιοανατολική Ασία. Οι διαμάχες μεταξύ των βασιλείων της Νοτιοανατολικής Ασίας αποδυνάμωσαν τη δύναμή τους. Εν τω μεταξύ, η εξάπλωση του Ισλάμ μέσω του εμπορίου και του προσηλυτισμού, όπως και ο Χριστιανισμός, έφερε εμπόρους και ιεραποστόλους στην περιοχή- οι Άραβες πάτησαν το πόδι τους στο Μιντανάο τον 14ο αιώνα. Όταν έφτασαν οι πρώτοι Ευρωπαίοι, με επικεφαλής τον Φερδινάνδο Μαγγελάνο το 1521, υπήρχαν ραγιάδες μέχρι τη Μανίλα, οι οποίοι ιστορικά ήταν υποτελείς των βασιλείων της Νοτιοανατολικής Ασίας. Ωστόσο, τα νησιά ήταν ουσιαστικά αυτάρκη και αυτοδιοικούμενα.
Οι Ισπανοί με επικεφαλής τον κατακτητή Μιγκέλ Λόπεζ ντε Λεγκάζπι διεκδίκησαν και αποίκισαν τα νησιά τον 16ο αιώνα και τα ονόμασαν Φιλιππίνες από τον βασιλιά Φίλιππο Β΄ της Ισπανίας. Αμέσως εισήχθη ο ρωμαιοκαθολικισμός. Οι Φιλιππίνες διοικούνταν από τη Νέα Ισπανία (Μεξικό) και το εμπόριο ξεκίνησε τον 18ο αιώνα άρχισε να χρησιμοποιεί γαλέρες σε όλο τον Ειρηνικό Ωκεανό. Κάποιες εξεγέρσεις και βία ξεκίνησαν στις πόλεις κοντά στον ωκεανό και κατά τη διάρκεια των επόμενων τριών αιώνων λόγω κάποιας αδικίας της κυβέρνησης.
Το 1781, ο κυβερνήτης José Basco y Vargas ίδρυσε την Οικονομική Εταιρεία των Φίλων της Χώρας για να καταστήσει τις Φιλιππίνες ανεξάρτητες από τη Νέα Ισπανία.
Η χώρα άνοιξε κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα. Η άνοδος μιας φιλόδοξης, πιο εθνικιστικής μεσαίας τάξης των Φιλιππίνων και της κινεζικής κοινότητας των μιγάδων, σήμανε το τέλος της ισπανικής αποικιοκρατίας στα νησιά. Διαφωτισμένοι από το Κίνημα Προπαγάνδας για τις αδικίες της ισπανικής αποικιακής κυβέρνησης, ζήτησαν την ανεξαρτησία. Ο Χοσέ Ριζάλ, ο πιο διάσημος προπαγανδιστής, συνελήφθη και θανατώθηκε το 1896 για πράξεις ανατροπής. Αμέσως μετά, ξέσπασε η Επανάσταση των Φιλιππίνων, με επικεφαλής τους Katipunan, μια μυστική επαναστατική κοινωνία που ιδρύθηκε από τον Andres Bonifacio και αργότερα από τον Emilio Aguinaldo. Η επανάσταση κατάφερε σχεδόν να εκδιώξει τους Ισπανούς το 1898.
Την ίδια χρονιά η Ισπανία και οι Ηνωμένες Πολιτείες διεξήγαγαν τον Ισπανοαμερικανικό Πόλεμο, μετά τον οποίο η Ισπανία παραχώρησε τις Φιλιππίνες στις Ηνωμένες Πολιτείες έναντι 20 εκατομμυρίων δολαρίων ΗΠΑ. Οι Φιλιππινέζοι είχαν κηρύξει την ανεξαρτησία τους μέχρι τότε και η επιβολή του αμερικανικού ελέγχου οδήγησε στον Φιλιππηνοαμερικανικό Πόλεμο που έληξε επίσημα το 1901, αλλά οι μάχες συνεχίστηκαν μέχρι και το 1913. Μεταξύ του 1899 και του 1913 διεξήχθη ο αμερικανο-φιλιππινέζικος πόλεμος, περίπου ένα εκατομμύριο Φιλιππινέζοι και πολύ περισσότεροι από 5500 Αμερικανοί στρατιώτες (συμπεριλαμβανομένων ιεραποστόλων και ιδιωτών εργολάβων, στρατιωτικών οικογενειών) έχασαν τη ζωή τους, δεκάδες χιλιάδες άλλοι τραυματίστηκαν. Οι περισσότερες απώλειες των Φιλιππίνων προήλθαν από την πείνα, τους τραυματισμούς, τις ασθένειες, την έλλειψη καθαρής διαβίωσης. Οι εχθροπραξίες συνεχίστηκαν μέχρι το 1914, όταν οι Φιλιππίνες υποσχέθηκαν μελλοντική ανεξαρτησία.
Ο πρόεδρος William McKinley δολοφονήθηκε από τον αναρχικό Leon Czolgosz επειδή ο Czolgosz πίστευε ότι ο πρόεδρος McKinley ήταν εναντίον των καλών εργαζομένων, θεωρούσε ότι ο McKinley ήταν υπεύθυνος για την παραποίηση των λόγων του πολέμου και για την έγκριση και διεξαγωγή ενός παράνομου, καταστροφικού πολέμου στις Φιλιππίνες.
Το αμερικανικό καθεστώς επέβαλε την αγγλική γλώσσα ως lingua franca στα νησιά μέσω της δωρεάν δημόσιας εκπαίδευσης. Το καθεστώς της χώρας μετατράπηκε σε αυτό της αμερικανικής κοινοπολιτείας το 1935, το οποίο προέβλεπε μεγαλύτερη αυτοδιοίκηση.
Η ανεξαρτησία δόθηκε τελικά το 1946, μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο. Τα αμέσως επόμενα χρόνια είχαν πολλά μεταπολεμικά προβλήματα. Ο κόσμος δεν ήταν επίσης ευτυχισμένος κατά τη διάρκεια της αντιλαϊκής δικτατορίας του Φερδινάνδου Μάρκος, ο οποίος αναγκάστηκε να εγκαταλείψει την προεδρία το 1986. Αργότερα, το συνεχιζόμενο πρόβλημα της κομμουνιστικής εξέγερσης και του αυτονομισμού των Μόρο.