Ο πιο συνηθισμένος τρόπος προσδιορισμού του φύλου είναι τα γονίδια. Με αυτόν τον τρόπο, το φύλο ενός οργανισμού καθορίζεται από το γονιδίωμα που λαμβάνει. Τα αλληλόμορφα που επηρεάζουν τη σεξουαλική ανάπτυξη μπορεί να βρίσκονται ή να μην βρίσκονται στο ίδιο χρωμόσωμα. Εάν είναι, το χρωμόσωμα αυτό ονομάζεται χρωμόσωμα φύλου και τα γονίδια που βρίσκονται σε αυτό ονομάζονται "συνδεδεμένα με το φύλο". Το φύλο καθορίζεται είτε από το γεγονός ότι υπάρχει ένα φυλετικό χρωμόσωμα (το οποίο μπορεί να λείπει), είτε από τον αριθμό τους. Επειδή ο γενετικός προσδιορισμός του φύλου καθορίζεται από την αντιστοίχιση των χρωμοσωμάτων, υπάρχει συνήθως ο ίδιος αριθμός αρσενικών και θηλυκών απογόνων.
Διάφορα γενετικά συστήματα
Οι άνθρωποι και τα άλλα θηλαστικά έχουν ένα σύστημα προσδιορισμού του φύλου XY: το χρωμόσωμα Υ φέρει παράγοντες που είναι υπεύθυνοι για την ανάπτυξη του αρσενικού. Το προεπιλεγμένο φύλο, ελλείψει χρωμοσώματος Υ, είναι το θηλυκό. Τα θηλαστικά XX είναι θηλυκά και τα XY είναι αρσενικά. Ο προσδιορισμός του φύλου XY συναντάται και σε άλλους οργανισμούς, όπως η κοινή μύγα των φρούτων και ορισμένα φυτά. Σε ορισμένες περιπτώσεις, συμπεριλαμβανομένης της φρουτόμυγας, είναι ο αριθμός των χρωμοσωμάτων Χ που καθορίζει το φύλο και όχι η παρουσία χρωμοσώματος Υ.
Τα πουλιά έχουν ένα σύστημα που λειτουργεί αντίστροφα: Ονομάζεται σύστημα προσδιορισμού φύλου ZW. Το χρωμόσωμα W έχει παράγοντες για την ανάπτυξη των θηλυκών. Από προεπιλογή (αν το χρωμόσωμα λείπει), ο οργανισμός θα είναι αρσενικός., Σε αυτή την περίπτωση, τα άτομα ZZ είναι αρσενικά και τα ZW είναι θηλυκά. Η πλειονότητα των πεταλούδων και των σκώρων έχουν επίσης σύστημα προσδιορισμού φύλου ZW. Τόσο στα συστήματα προσδιορισμού φύλου XY όσο και στα συστήματα προσδιορισμού φύλου ZW το χρωμόσωμα φύλου που φέρει τους κρίσιμους παράγοντες είναι συχνά σημαντικά μικρότερο, μεταφέροντας ελάχιστα περισσότερα από τα γονίδια που είναι απαραίτητα για την ενεργοποίηση της ανάπτυξης ενός συγκεκριμένου φύλου.
Πολλά έντομα χρησιμοποιούν ένα σύστημα προσδιορισμού του φύλου που βασίζεται στον αριθμό των χρωμοσωμάτων φύλου. Αυτό ονομάζεται προσδιορισμός φύλου XX/XO - το Ο υποδηλώνει την απουσία του φυλετικού χρωμοσώματος. Όλα τα άλλα χρωμοσώματα στους οργανισμούς αυτούς είναι διπλοειδή, αλλά οι οργανισμοί μπορεί να κληρονομήσουν ένα ή δύο χρωμοσώματα Χ. Στους γρύλους, για παράδειγμα, τα έντομα με ένα μόνο χρωμόσωμα Χ αναπτύσσονται ως αρσενικά, ενώ εκείνα με δύο αναπτύσσονται ως θηλυκά. Στον νηματώδη C. elegans τα περισσότερα σκουλήκια είναι αυτογονιμοποιούμενοι ερμαφρόδιτοι ΧΧ, αλλά περιστασιακά ανωμαλίες στην κληρονομικότητα των χρωμοσωμάτων δημιουργούν τακτικά άτομα με ένα μόνο χρωμόσωμα Χ - αυτά τα άτομα ΧΟ είναι γόνιμα αρσενικά (και οι μισοί απόγονοί τους είναι αρσενικοί).
Άλλα έντομα, όπως οι μέλισσες και τα μυρμήγκια, χρησιμοποιούν ένα σύστημα προσδιορισμού φύλου απλοειδούς-διπλοειδούς. Στην περίπτωση αυτή τα διπλοειδή άτομα είναι γενικά θηλυκά και τα απλοειδή άτομα (που αναπτύσσονται από μη γονιμοποιημένα αυγά) είναι αρσενικά. Αυτό το σύστημα προσδιορισμού φύλου έχει ως αποτέλεσμα μια εξαιρετικά μεροληπτική αναλογία φύλου, καθώς το φύλο των απογόνων καθορίζεται από τη γονιμοποίηση και όχι από την επιλογή των χρωμοσωμάτων κατά τη μειόζη.
Ανωμαλίες
Μερικές φορές ένας οργανισμός αναπτύσσει την εμφάνιση τόσο αρσενικών όσο και θηλυκών. Τότε πρόκειται για ίντερσεξ και είναι σπάνιο φαινόμενο. Παρόλο που οι οργανισμοί αυτοί μπορεί να αποκαλούνται ερμαφρόδιτοι, αυτό δεν είναι σωστό, διότι στα ίντερσεξ άτομα είτε η αρσενική είτε η θηλυκή όψη είναι στείρα.