Η Hantuchová έγινε επαγγελματίας τενίστρια το 1989, όταν ήταν 15 ετών. Ξεκίνησε να προπονείται στη Φλόριντα, αλλά επέστρεφε στη Μπρατισλάβα της Σλοβακίας για να σπουδάσει. Κέρδισε το πρώτο της τουρνουά WTA το 2000, έναν τίτλο στα διπλά, τον οποίο κατέκτησε στην Μπρατισλάβα. Το 2001, έπαιξε το πρώτο της τουρνουά Grand Slam στο Australian Open. Η Hantuchová έχασε στον πρώτο της αγώνα στην Αυστραλία από τη Ρωσίδα Anna Kournikova. Ωστόσο, κέρδισε το τουρνουά μεικτού διπλού, παίζοντας με την Τσέχα παίκτρια Leos Friedl. Η Hantuchová κέρδισε τη δεύτερη διοργάνωσή της στα διπλά WTA, κερδίζοντας με τη Ρωσίδα Elena Bovina στο Λουξεμβούργο. Τελείωσε τη χρονιά στο top 100 και βραβεύτηκε από την Ένωση Γυναικείου Τένις (WTA) ως η καλύτερη νέα παίκτρια του 2001.
Το 2002, η Hantuchová έχασε στα προημιτελικά τόσο του Wimbledon Championships όσο και του US Open. Ωστόσο, παίζοντας με τον Ζιμπάμπουε Kevin Ullyett, κέρδισε το μικτό διπλό στο Australian Open. Ήρθε επίσης δεύτερη στα διπλά στην Αυστραλία, παίζοντας με την Ισπανίδα Arantxa Sanchez Vicario. Μαζί με τον Ullyett έχασαν τον τελικό του μικτού διπλού στο Wimbledon την ίδια σεζόν. Κέρδισε το πρώτο της τουρνουά WTA στα μονά, κερδίζοντας την Ελβετίδα Martina Hingis στο τουρνουά Masters στο Indian Wells της Καλιφόρνια. Κέρδισε επίσης δύο ακόμη τουρνουά διπλού WTA, στη Φλόριντα και στο Κονέκτικατ των Ηνωμένων Πολιτειών. Και τις δύο φορές κέρδισε με την Arantxa Sanchez Vicario. Η Hantuchová ολοκλήρωσε τη σεζόν στην πρώτη 10άδα και βραβεύτηκε από την WTA ως η πιο βελτιωμένη παίκτρια του 2002. Τον Ιανουάριο του 2003, η Hantuchová ήταν η πέμπτη καλύτερη τενίστρια στον κόσμο. Από τον Ιούνιο του 2008, αυτή είναι η καλύτερη επίδοσή της. Αργότερα το 2003, χώρισε από τον Άγγλο προπονητή της, Nigel Sears.
Ο Sears προπόνησε τη Hantuchová ξανά το 2004 και το 2005, όπου κέρδισε το μικτό διπλό στο Γαλλικό Όπεν και το US Open. Αυτό σημαίνει ότι είχε κερδίσει και τα τέσσερα τουρνουά μικτού διπλού Grand Slam. Τον Ιούνιο του 2005, μαζί με την Γιαπωνέζα Ai Sugiyama κέρδισαν ένα τουρνουά διπλού του WTA tour στο Μπέρμιγχαμ της Αγγλίας. Το ίδιο ζευγάρι ήρθε δεύτερο στον τελικό του διπλού στο Γαλλικό Όπεν. Η Hantuchová κατέκτησε τον έκτο της τίτλο στα διπλά WTA με τη Ρωσίδα Anastasia Myskina στη Γερμανία τον Οκτώβριο του 2004.
Η Hantuchová και η Sugiyama κέρδισαν άλλο ένα τουρνουά διπλών τον Μάρτιο του 2006, αυτή τη φορά στη Ντόχα του Κατάρ. Η Hantuchová χώρισε οριστικά με τον προπονητή της, Sears, τον Απρίλιο του 2006. Συνέχισε να κερδίζει το όγδοο τουρνουά διπλών WTA τον Μάιο του 2006 στη Ρώμη της Ιταλίας, και πάλι με την Ai Sugiyama. Η Hantuchová κέρδισε τον δεύτερο τίτλο της στο μονό WTA Tour τον Μάρτιο του 2007, κερδίζοντας και πάλι τη Svetlana Kuznetsova στο Indian Wells. Στη συνέχεια κέρδισε τον τρίτο της τίτλο στο μονό Tour τον Οκτώβριο του 2007, κερδίζοντας την Ελβετίδα Patty Schnyder στο Linz της Αυστρίας. Η Hantuchová έχασε στον ημιτελικό του Australian Open του 2008 από τη Σέρβα Ana Ivanović. Έχασε επίσης στον δεύτερο γύρο του Wimbledon τον Ιούνιο του 2008. Μετά την εμφάνισή της στον ημιτελικό, η Hantuchová δεν κατάφερε να περάσει τον τέταρτο γύρο σε κανένα τουρνουά Grand Slam.
Η Hantuchová έχει επίσης παίξει τένις για τη Σλοβακία σε έναν διεθνή διαγωνισμό τένις που ονομάζεται Fed Cup. Από τον Ιούλιο του 2011, έχει παίξει 44 αγώνες και έχει κερδίσει τους 29 από αυτούς. Βοήθησε τη Σλοβακία να κατακτήσει το Fed Cup το 2002. Το 2004, έπαιξε για τη Σλοβακία στους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας. Είναι χορηγός της εταιρείας αθλητικών ειδών Nike και του κατασκευαστή ρακετών Prince. Από τον Οκτώβριο του 2011, έχει κερδίσει πάνω από 7,9 εκατομμύρια δολάρια από το τένις. Είναι η πρώτη Σλοβάκα που κερδίζει τόσα χρήματα μόνο από τουρνουά τένις.
.svg.png){kind=small}
;_Flag_of_Serbia_and_Montenegro_(2003–2006).svg.png){kind=small}
