Τον Απρίλιο του 1861 ξέσπασε ο αμερικανικός εμφύλιος πόλεμος. Ο Κάρσον άφησε τη δουλειά του ως πράκτορας Ινδιάνων και κατατάχθηκε στον στρατό της Ένωσης. Έγινε υπολοχαγός. Ηγήθηκε του 1ου Εθελοντικού Πεζικού του Νέου Μεξικού. Εκπαίδευσε τους νέους άνδρες. Τον Οκτώβριο του 1861, έγινε συνταγματάρχης. Οι Εθελοντές πολέμησαν τις δυνάμεις της Συνομοσπονδίας στο Βαλβέρδε του Νέου Μεξικού τον Φεβρουάριο του 1862. Οι Συνομοσπονδιακοί κέρδισαν αυτή τη μάχη, αλλά αργότερα ηττήθηκαν.
Εκστρατεία κατά των Απάτσι
Μόλις οι Συνομοσπονδιακοί εκδιώχθηκαν από το Νέο Μεξικό, ο διοικητής του Κάρσον, ταγματάρχης Τζέιμς Χένρι Κάρλετον, έστρεψε την προσοχή του στους ιθαγενείς Αμερικανούς. Ο ιστορικός Edwin Sabin γράφει ότι ο αξιωματικός αυτός είχε "ψυχοπαθητικό μίσος για τους Απάτσι". Ο Κάρλετον οδήγησε τις δυνάμεις του βαθιά μέσα στην περιοχή των Απάτσι Mescalero. Οι Mescalero κουράστηκαν να πολεμούν και τέθηκαν υπό την προστασία του Carson. Ο Κάρλετον έβαλε αυτούς τους Απάτσι σε έναν απομακρυσμένο και μοναχικό καταυλισμό ανατολικά του ποταμού Πέκος.
Ο Κάρσον αντιπαθούσε τους Απάτσι. Έγραψε σε μια έκθεσή του ότι οι Απάτσι Τζικαρίλα "ήταν πραγματικά οι πιο υποβαθμισμένοι και ενοχλητικοί Ινδιάνοι που έχουμε στο τμήμα μας... [Τους βλέπουμε καθημερινά σε κατάσταση μέθης στην πλατεία μας". Ο Κάρσον υποστήριξε με μισή καρδιά τα σχέδια του Κάρλετον. Ήταν κουρασμένος. Είχε υποστεί έναν τραυματισμό δύο χρόνια πριν που του προκαλούσε μεγάλο πρόβλημα. Παραιτήθηκε από τον στρατό τον Φεβρουάριο του 1863. Ο Κάρλετον αρνήθηκε να δεχτεί την παραίτηση, επειδή ήθελε ο Κάρσον να ηγηθεί εκστρατείας κατά των Ναβάχο.
Εκστρατεία κατά των Navajos
Ο Κάρλετον είχε επιλέξει μια ζοφερή τοποθεσία στον ποταμό Πέκος για τον καταυλισμό του. Αυτός ο καταυλισμός ονομάστηκε Bosque Redondo (Στρογγυλό άλσος). Επέλεξε αυτή την τοποθεσία για τους Απάτσι και τους Ναβάχο επειδή ήταν μακριά από τους οικισμούς των λευκών. Ήθελε επίσης αυτοί οι Απάτσι και οι Ναβάχο να λειτουργούν ως ανάχωμα για τυχόν επιθετικές ενέργειες που θα διαπράττονταν κατά των λευκών οικισμών από τους Κιόουα και τους Κομάντσι ανατολικά του Bosque Redondo. Πίστευε επίσης ότι η απομάκρυνση και η ερημιά του καταυλισμού θα αποθάρρυνε την εγκατάσταση των λευκών.
Οι Mescalero Apaches περπάτησαν 130 μίλια μέχρι τον καταυλισμό. Μέχρι τον Μάρτιο του 1863, τετρακόσιοι Απάτσι είχαν εγκατασταθεί γύρω από το κοντινό Φορτ Σάμνερ. Άλλοι είχαν φύγει δυτικά για να ενωθούν με φυγάδες Απάτσι. Μέχρι τα μέσα του καλοκαιριού, πολλοί από αυτούς φύτευαν καλλιέργειες και έκαναν άλλες αγροτικές εργασίες.
Στις 7 Ιουλίου, ο Κάρσον, με λίγη καρδιά για τη σύλληψη των Ναβάχο, ξεκίνησε την εκστρατεία εναντίον της φυλής. Οι εντολές του ήταν σχεδόν οι ίδιες με εκείνες για τη σύλληψη των Απάτσι: έπρεπε να πυροβολήσει όλα τα αρσενικά στο σημείο και να πάρει αιχμάλωτα τα γυναικόπαιδα. Καμία συνθήκη ειρήνης δεν επρόκειτο να συναφθεί έως ότου όλοι οι Νάβαχο εγκατασταθούν στον καταυλισμό.
Ο Κάρσον έψαχνε παντού για τους Ναβάχο. Βρήκε τα σπίτια, τα χωράφια, τα ζώα και τους οπωρώνες τους, αλλά οι Νάβαχο ήταν ειδικοί στο να εξαφανίζονται γρήγορα και να κρύβονται στις αχανείς εκτάσεις τους. Η περισυλλογή ήταν μια μεγάλη απογοήτευση για τον Κάρσον. Ήταν στα 50 του χρόνια, κουρασμένος και άρρωστος. Μέχρι το φθινόπωρο του 1863, ο Κάρσον άρχισε να καίει τα σπίτια και τα χωράφια των Ναβάχο και να απομακρύνει τα ζώα τους από την περιοχή. Οι Νάβαχο θα λιμοκτονούσαν αν συνεχιζόταν αυτή η καταστροφή. Εκατόν ογδόντα οκτώ Ναβάχο παραδόθηκαν. Στάλθηκαν στο Bosque Redondo. Η ζωή στο Bosque είχε γίνει ζοφερή. Έγιναν δολοφονίες. Οι Απάτσι και οι Ναβάχο πολεμούσαν. Το νερό του Πέκος περιείχε μέταλλα που προκαλούσαν κράμπες και στομαχόπονο. Οι κάτοικοι έπρεπε να περπατήσουν περίπου δώδεκα μίλια για να βρουν καυσόξυλα.
Canyon de Chelly
Ο Κάρσον ήθελε να κάνει ένα χειμερινό διάλειμμα από την προεκλογική εκστρατεία. Ο ταγματάρχης Κάρλετον αρνήθηκε. Ο Κιτ διατάχθηκε να εισβάλει στο Canyon de Chelly. Εδώ είχαν καταφύγει πολλοί Ναβάχο. Ο ιστορικός Ντέιβιντ Ρόμπερτς γράφει: "Η σάρωση του Κάρσον στο Canyon de Chelly το χειμώνα του 1863-1864 θα αποδεικνυόταν η αποφασιστική ενέργεια στην εκστρατεία".
Το Canyon de Chelly ήταν ιερός τόπος για τους Navajo. Πίστευαν ότι τώρα θα ήταν το ισχυρότερο καταφύγιό τους. Τριακόσιοι Navajo βρήκαν καταφύγιο στο χείλος του φαραγγιού σε ένα μέρος που ονομαζόταν Fortress Rock. Αντιστάθηκαν στην εισβολή του Carson χτίζοντας σκοινένιες σκάλες, γέφυρες, κατεβάζοντας δοχεία με νερό σε ένα ρυάκι και μένοντας εκτός οπτικού πεδίου. Αυτοί οι τριακόσιοι Ναβάχο επέζησαν από την εισβολή. Τον Ιανουάριο του 1864, ο Κάρσον διέσχισε με τις δυνάμεις του το φαράγγι των 35 μιλίων. Έκοψε τις χιλιάδες ροδακινιές που υπήρχαν στο φαράγγι. Λίγοι Νάβαχο σκοτώθηκαν ή αιχμαλωτίστηκαν. Η εισβολή του Κάρσον απέδειξε ωστόσο στους Νάβαχο ότι ο λευκός άνδρας μπορούσε να εισβάλει στη χώρα τους ανά πάσα στιγμή. Πολλοί Νάβαχο παραδόθηκαν στο Φορτ Κάνμπι.
Μέχρι τον Μάρτιο του 1864, υπήρχαν 3.000 πρόσφυγες στο Fort Canby. Επιπλέον 5.000 έφτασαν στο στρατόπεδο. Υπέφεραν από το έντονο κρύο και την πείνα. Ο Κάρσον ζήτησε προμήθειες για να τους ταΐσει και να τους ντύσει. Οι χιλιάδες Ναβάχο οδηγήθηκαν στο Bosque Redondo. Πολλοί πέθαναν στη διαδρομή. Οι περιπλανώμενοι στα μετόπισθεν πυροβολήθηκαν και σκοτώθηκαν. Στην ιστορία των Νάβαχο, αυτή η φρικτή πορεία είναι γνωστή ως ο μακρύς περίπατος. Μέχρι το 1866, οι αναφορές έδειχναν ότι το Bosque Redondo ήταν μια πλήρης αποτυχία. Ο ταγματάρχης Κάρλετον απολύθηκε. Το Κογκρέσο ξεκίνησε έρευνες. Το 1868 υπογράφηκε συνθήκη και οι Ναβάχο επέτρεψαν στους Ναβάχο να επιστρέψουν στην πατρίδα τους. Το Bosque Redondo έκλεισε.
Πρώτη μάχη των τειχών της Adobe
Στις 25 Νοεμβρίου 1864, ο Κάρσον ηγήθηκε των δυνάμεών του εναντίον των νοτιοδυτικών φυλών στην Πρώτη Μάχη του Adobe Walls στο Τέξας panhandle. Το Adobe Walls ήταν ένας εγκαταλελειμμένος εμπορικός σταθμός που ανατινάχθηκε από τους κατοίκους του για να αποτρέψει την κατάληψη από εχθρικούς ιθαγενείς Αμερικανούς. Οι μαχητές στην Πρώτη Μάχη ήταν ο στρατός των Ηνωμένων Πολιτειών και μάζες Κιόουα, Κομάντσι και Απάτσι των πεδιάδων. Ήταν μια από τις μεγαλύτερες μάχες που διεξήχθησαν στις Μεγάλες Πεδιάδες. Η Επιτροπή Βιβλιοθήκης και Αρχείων της Πολιτείας του Τέξας γράφει: "Το αποτέλεσμα της Adobe Walls ήταν μια συντριπτική πνευματική ήττα για τους Ινδιάνους. Προκάλεσε επίσης τον αμερικανικό στρατό να προβεί στις τελικές του ενέργειες για να συντρίψει τους Ινδιάνους μια για πάντα. Εντός του έτους, ο μακροχρόνιος πόλεμος μεταξύ λευκών και Ινδιάνων στο Τέξας θα έφτανε στο τέλος του".
Η μάχη ήταν το αποτέλεσμα της πεποίθησης του στρατηγού Κάρλετον ότι οι ιθαγενείς Αμερικανοί ήταν υπεύθυνοι για τις συνεχείς επιθέσεις κατά των λευκών εποίκων κατά μήκος του μονοπατιού Santa Fe Trail. Ήθελε να τιμωρήσει αυτούς τους κλέφτες και δολοφόνους και έφερε τον Κάρσον για να κάνει τη δουλειά. Καθώς το μεγαλύτερο μέρος του στρατού ήταν απασχολημένο αλλού κατά τη διάρκεια του αμερικανικού εμφυλίου πολέμου, η προστασία που ζητούσαν οι έποικοι ήταν σχεδόν ανύπαρκτη. Παρακαλούσαν για βοήθεια. Ο Κάρσον ηγήθηκε 260 ιππέων, 75 πεζών και 72 ανιχνευτών του στρατού Ute και Jicarilla Apache. Επιπλέον, διέθετε δύο ορεινά οβιδοβόλα.
Το πρωί της 25ης Νοεμβρίου, ο Κάρσον ανακάλυψε και επιτέθηκε σε ένα χωριό των Κιόβα με 176 οικήματα. Μετά την καταστροφή, προχώρησε προς το Adobe Walls. Ο Κάρσον βρήκε και άλλα χωριά των Κομάντσι στην περιοχή και συνειδητοποίησε ότι θα αντιμετώπιζε μια πολύ μεγάλη δύναμη ιθαγενών Αμερικανών. Ένας λοχαγός Pettis εκτίμησε ότι 1.200 έως 1.400 Κομάντσι και Κιόβα άρχισαν να συγκεντρώνονται. Ο αριθμός τους θα διογκωνόταν ενδεχομένως σε 3.000. Ακολούθησαν τέσσερις με πέντε ώρες μάχης. Όταν ο Κάρσον ξέμεινε από πυρομαχικά και οβίδες οβιδοβόλου, διέταξε τους άνδρες του να υποχωρήσουν σε ένα κοντινό χωριό των Κιόβα. Εκεί έκαψαν το χωριό και πολλά ωραία χιτώνια βουβαλιών. Οι ιθαγενείς ανιχνευτές του σκότωσαν και ακρωτηρίασαν τέσσερις ηλικιωμένους και αδύναμους Κιόβα. Στη συνέχεια άρχισε η υποχώρηση προς το Νέο Μεξικό. Υπήρχαν λίγοι νεκροί μεταξύ των ανδρών του Κάρσον. Ο στρατηγός Κάρλετον έγραψε στον Κάρσον: "Αυτή η λαμπρή υπόθεση προσθέτει άλλο ένα πράσινο φύλλο στο δάφνινο στεφάνι που τόσο ευγενικά κερδίσατε στην υπηρεσία της πατρίδας σας". Η μάχη θεωρείται από ορισμένους ως η καλύτερη στιγμή του Κάρσον και θεωρείται ένας από τους παράγοντες που έκαναν τους Κιόουα και τους Κομάντσι να ζητήσουν ειρήνη το 1865.
"Ρίξτε μερικά βλήματα στο πλήθος εκεί πέρα".
Kit Carson προς τον αξιωματικό πυροβολικού υπολοχαγό Pettis
Ορισμένοι από αυτούς που έχουν μελετήσει τη μάχη πιστεύουν ότι ο Κάρσον είχε δίκιο όταν διέταξε τα στρατεύματά του να υποχωρήσουν. Αναφέρθηκε ότι οι στρατιώτες του Κάρσον πήραν μόνο ένα σκαλπ των Κομάντσι. Η πρώτη μάχη στο Adobe Walls θα ήταν η τελευταία φορά που οι Κομάντσι και οι Κιόβα ανάγκασαν τα αμερικανικά στρατεύματα να υποχωρήσουν από τη μάχη. Το Adobe Walls σηματοδότησε την αρχή του τέλους των φυλών των πεδιάδων και του τρόπου ζωής τους.
Μια δεκαετία αργότερα, η δεύτερη μάχη του Adobe Walls διεξήχθη στις 27 Ιουνίου 1874, μεταξύ 250 και 700 Κομάντσι και μιας ομάδας 28 κυνηγών που υπερασπίζονταν το Adobe Walls. Μετά από τετραήμερη πολιορκία, οι εκατοντάδες ιθαγενείς Αμερικανοί αποσύρθηκαν. Η Δεύτερη Μάχη οδήγησε στον Πόλεμο του Κόκκινου Ποταμού του 1874-1875, έναν πόλεμο που είχε ως αποτέλεσμα την οριστική μετεγκατάσταση των Ινδιάνων της Νότιας Πεδιάδας σε καταυλισμούς στην Οκλαχόμα.