Η σοκολάτα παρασκευάζεται από το κακάο, τους αποξηραμένους και μερικώς ζυμωμένους σπόρους του κακαόδεντρου (Theobroma cacao). Το κακαόδεντρο είναι ένα μικρό (ύψους 4-8 μέτρων) πεύκο που βρίσκεται στις βαθιές τροπικές περιοχές της Αμερικής. Νέες μελέτες δείχνουν ότι ο πιο διαδεδομένος τύπος του φυτού προήλθε αρχικά από τη λεκάνη του Αμαζονίου. Μεταφέρθηκε σιγά-σιγά από τους ανθρώπους σε άλλα μέρη της Νότιας και Κεντρικής Αμερικής για να καλλιεργηθεί. Πρώιμα είδη ενός άλλου τύπου έχουν επίσης βρεθεί στην περιοχή της σημερινής Βενεζουέλας. Η επιστημονική ονομασία, theobroma, σημαίνει "τροφή των θεών". Ο καρπός, που ονομάζεται λοβός κακάο, έχει σχήμα οβάλ, μήκος 15-30 cm (6-12 in.) και πλάτος 8-10 cm (3-4 in.). Γίνεται ώριμος από κίτρινος έως πορτοκαλί και ζυγίζει περίπου 500 γραμμάρια όταν είναι ώριμος.
Η πρώτη γνωστή χρήση του κακάο είναι η σοκολάτα που βρέθηκε σε βάζα στην τοποθεσία Puerto Escondido στην Ονδούρα. Χρησιμοποιήθηκε εκεί γύρω στο 1100 π.Χ./π.Χ. Ένας τάφος των Μάγια της πρώιμης κλασικής περιόδου (460-480 μ.Χ./π.Χ.) από το Río Azul της Γουατεμάλας, είχε φλιτζάνια με τις λέξεις των Μάγια για το κακάο πάνω τους με ίχνη ενός παλιού ροφήματος σοκολάτας. Στους Μάγια αποδίδεται συνήθως η τιμή ότι έφτιαξαν το πρώτο ρόφημα σοκολάτας πριν από 2.000 χρόνια. Το ποτό θα άλλαζε ακόμη περισσότερο στην Ευρώπη.
Για να φτιάξουν το ποτό, οι Μάγια αλέθουν τους σπόρους του κακάο σε πάστα και την αναμειγνύουν με νερό, καλαμποκάλευρο, πιπεριές τσίλι και μπαχαρικά. Στη συνέχεια έριχναν το ποτό μπρος-πίσω από ένα φλιτζάνι σε ένα δοχείο μέχρι να δημιουργηθεί ένας αφρός. Το ποτό σερβιριζόταν κρύο. Οι Μάγια όλων των κοινωνικών τάξεων μπορούσαν να πάρουν το ποτό, αλλά οι πλούσιοι έπιναν σοκολάτα από φανταχτερά σκεύη ή κύπελλα.
Μέχρι το 1400, οι Αζτέκοι κατέλαβαν ένα μεγάλο μέρος της Μεσοαμερικής και ενσωμάτωσαν το κακάο στον πολιτισμό τους. Σκέφτηκαν τη σοκολάτα με την Xochiquetzal, τη θεά της εγκυμοσύνης. Χρησιμοποιούσαν επίσης ποτά με σοκολάτα ως θυσίες στους θεούς. Το είδος του ποτού των Αζτέκων ήταν πικρό και πικάντικο και ονομαζόταν xocolatl. Παρασκευαζόταν όπως τα σοκολατένια ποτά των Μάγια. Στο ποτό προστίθεντο βανίλια, πιπέρι τσίλι και ακιότε και πίστευαν ότι καταπολεμούσε την κούραση, γεγονός που οφείλεται στην περιεκτικότητα σε θεοβρωμίνη, ένα ενισχυτικό της διάθεσης. Επειδή το κακάο δεν φύτρωνε στο κεντρικό Μεξικό και έπρεπε να μεταφερθεί στην αυτοκρατορία, η σοκολάτα ήταν ένα σημαντικό αγαθό πολυτελείας στην αυτοκρατορία των Αζτέκων. Εξαιτίας αυτού, οι κόκκοι κακάο χρησιμοποιούνταν ως χρήμα.
Η πρώτη φορά που οι Ευρωπαίοι είδαν σοκολάτα ήταν τον 16ο αιώνα, όταν ο Μοντεζούμα (που ήταν τότε κυβερνήτης των Αζτέκων) έδειξε το xocolatl στον Ερνάν Κορτές, έναν Ισπανό κατακτητή. Αυτό που οι Ισπανοί αποκαλούσαν τότε "chocolatl" λέγεται ότι ήταν ένα ποτό που παρασκευαζόταν από βάση σοκολάτας με βανίλια και άλλα μπαχαρικά και σερβιριζόταν κρύο. Οι ηγεμόνες του Μοντεζούμα λέγεται ότι έπιναν περίπου 2000 φλιτζάνια xocolatl την ημέρα, 50 από τα οποία έπινε ο ίδιος ο Μοντεζούμα.
Επειδή η ζάχαρη δεν είχε έρθει στην Αμερική, το xocolatl λέγεται ότι ήταν κάτι που δεν άρεσε στην αρχή. Το ποτό είχε πικάντικη και πικρή γεύση, σε αντίθεση με τη σημερινή ζεστή σοκολάτα. Όσον αφορά το πότε το xocolatl έγινε για πρώτη φορά ζεστό, οι πηγές δεν είναι σίγουρες για το πότε και από ποιον. Ωστόσο, ο Jose de Acosta, ένας Ισπανός Ιησουίτης ιεραπόστολος που έζησε στο Περού και στη συνέχεια στο Μεξικό στα τέλη του 16ου αιώνα, περιέγραψε το xocolatl ως ένα ποτό με πικρή γεύση που άρεσε πολύ στους ιθαγενείς.
Ευρωπαϊκές αλλαγές
Αφού νίκησε τους πολεμιστές του Μοντεζούμα και πήρε τα πλούτη των Αζτέκων, ο Κορτές επέστρεψε στην Ισπανία το 1528. Έφερε κόκκους κακάο και εξοπλισμό για την παρασκευή ποτών σοκολάτας. Εκείνη την εποχή, η σοκολάτα εξακολουθούσε να είναι μόνο το πικρό ποτό που έφτιαχναν οι Μάγια. Η γλυκιά ζεστή σοκολάτα και η σοκολάτα σε μπάρα δεν παρασκευάζονταν ακόμη.
Αφού ήρθε στην Ευρώπη, το ποτό απέκτησε σιγά-σιγά δημοτικότητα. Η αυλή του βασιλιά Καρόλου Ε' άρχισε σύντομα να το πίνει, και αυτό που τότε ονομαζόταν μόνο "σοκολάτα" έγινε δημοφιλές ποτό στην ισπανική ανώτερη τάξη. Επίσης, το κακάο δινόταν ως δώρο όταν η ισπανική βασιλική οικογένεια παντρευόταν άλλες βασιλικές οικογένειες. Τότε, η σοκολάτα κόστιζε πολύ στην Ευρώπη, επειδή οι κόκκοι κακάο καλλιεργούνταν μόνο στη Νότια Αμερική.
Η πρώτη αποστολή σοκολάτας στην Ευρώπη για εμπορικούς σκοπούς ήταν μια αποστολή από τη Βερακρούζ στη Σεβίλλη το 1585. Ήταν ακόμα ένα ποτό, αλλά οι Ευρωπαίοι πρόσθεσαν ζάχαρη για να το γλυκάνουν και αφαίρεσαν την πιπεριά τσίλι. Πρόσθεσαν επίσης βανίλια, κανέλα και άλλα μπαχαρικά. Τότε φτιάχτηκε η γλυκιά ζεστή σοκολάτα, καθιστώντας τη ζεστή σοκολάτα είδος πολυτελείας για τους Ευρωπαίους βασιλείς τον 17ο αιώνα. Ακόμα και όταν άνοιξε το πρώτο σοκολατοποιείο (ένα κατάστημα σαν τα σημερινά καφενεία) το 1657, το ρόφημα εξακολουθούσε να κοστίζει πολύ. Μια λίβρα κόστιζε 50 έως 75 πένες (μεταξύ 50 και 75 δολάρια ΗΠΑ σήμερα).
Στα τέλη της δεκαετίας του 1600, ο Χανς Σλόαν, πρόεδρος του Βασιλικού Κολλεγίου Ιατρών, πήγε στην Τζαμάικα. Εκεί, δοκίμασε τη σοκολάτα και δεν του άρεσε, αλλά διαπίστωσε ότι ήταν καλύτερη με γάλα. Όταν επέστρεψε στην Αγγλία, έφερε τη συνταγή μαζί του, φέρνοντας τη σοκολάτα γάλακτος στην Ευρώπη.
Το 1828, ο Coenraad Johannes van Houten κατασκεύασε την πρώτη μηχανή παρασκευής κακάο στις Κάτω Χώρες. Η πρέσα απομάκρυνε το λιπαρό βούτυρο κακάο από τους σπόρους του κακάο, αφήνοντας πίσω μια σκόνη σοκολάτας. Αυτή η σκόνη -όπως η σκόνη κακάο που χρησιμοποιείται σήμερα- ήταν ευκολότερο να αναμειχθεί σε γάλα και νερό και οδήγησε σε στερεή σοκολάτα. Χρησιμοποιώντας σκόνη κακάο και λίγο βούτυρο κακάο, η σοκολάτα ράβδων ήταν τότε σε θέση να παρασκευαστεί. Ο όρος "σοκολάτα" σήμαινε τότε στερεή σοκολάτα, αντί για ζεστή σοκολάτα.