Το έμφυτο ανοσοποιητικό σύστημα υπερασπίζεται τον ξενιστή από τις λοιμώξεις. Περιλαμβάνει κύτταρα που αναγνωρίζουν και ανταποκρίνονται άμεσα στους παθογόνους μικροοργανισμούς (μικρόβια). Η αντίδραση του έμφυτου ανοσοποιητικού συστήματος δεν είναι ειδική: ανταποκρίνεται με τον ίδιο τρόπο σε όλα τα παθογόνα που αναγνωρίζει.

Σε αντίθεση με το προσαρμοστικό ανοσοποιητικό σύστημα, το έμφυτο ανοσοποιητικό σύστημα δεν παρέχει μακροχρόνια ανοσία έναντι συγκεκριμένων λοιμώξεων.

Τα έμφυτα ανοσοποιητικά συστήματα παρέχουν άμεση άμυνα κατά των λοιμώξεων και απαντώνται σε όλα τα φυτικά και ζωικά είδη. Το έμφυτο σύστημα είναι η εξελικτικά παλαιότερη αμυντική στρατηγική. Είναι το κύριο ανοσοποιητικό σύστημα που συναντάται στα φυτά, στους μύκητες, στα έντομα και στους πρωτόγονους πολυκύτταρους οργανισμούς. Το σύστημα δεν είναι προσαρμοστικό και δεν αλλάζει κατά τη διάρκεια της ζωής ενός ατόμου.

Το έμφυτο ανοσοποιητικό σύστημα των σπονδυλωτών: