Ο Höss γεννήθηκε στο Baden-Baden της Γερμανίας στις 25 Νοεμβρίου 1900. Οι γονείς του ήταν ο Franz Xaver Höss και η Lina Höss. Ήταν το μεγαλύτερο από τα τρία παιδιά και ο μοναχογιός του. Η οικογένεια του Höss ήταν πολύ καθολική.
Στην αυτοβιογραφία του, ο Höss δήλωσε ότι απήχθη για λίγο από τσιγγάνους όταν ήταν παιδί.
Ο πατέρας του Höss ήταν πρώην αξιωματικός του γερμανικού στρατού που είχε υπηρετήσει στη Γερμανική Ανατολική Αφρική (γερμανική αποικία που περιλάμβανε το σημερινό Μπουρούντι, τη Ρουάντα και μέρος της Τανζανίας). Μετά την αποχώρησή του από τον στρατό, διατηρούσε μια επιχείρηση τσαγιού και καφέ. Μεγάλωσε τον γιο του με βάση τις αυστηρές καθολικές πεποιθήσεις και με στρατιωτική πειθαρχία. Είχε αποφασίσει ότι ο Höss θα γινόταν καθολικός ιερέας. Κατά τη διάρκεια της πρώιμης παιδικής ηλικίας του Höss, του έλεγαν συνεχώς για την αμαρτία, την ενοχή και την ανάγκη να κάνει μετάνοια.
Ο Höss άρχισε να στρέφεται εναντίον της θρησκείας από νεαρή έφηβη. Αυτό συνέβη αφού εξομολογήθηκε σε έναν ιερέα (είπε στον ιερέα τι είχε κάνει λάθος). Στον καθολικισμό, η "σφραγίδα της εξομολόγησης" υποτίθεται ότι είναι αδιάσπαστη. Αυτό σημαίνει ότι ένας ιερέας δεν πρέπει ποτέ να πει σε κανέναν τι έχει πει κάποιος σε μια εξομολόγηση. Ο Höss είπε ότι άρχισε να αντιπαθεί τη θρησκεία όταν ο ιερέας είπε στον πατέρα του Höss κάτι που είχε πει ο Höss σε μια εξομολόγηση. Αμέσως μετά από αυτό, ο πατέρας του Höss πέθανε και ο Höss άρχισε να κινείται προς τη στρατιωτική ζωή.
Όταν ξεκίνησε ο Πρώτος Παγκόσμιος Πόλεμος, ο Höss υπηρέτησε για λίγο σε ένα στρατιωτικό νοσοκομείο. Στη συνέχεια, σε ηλικία 14 ετών, του επετράπη να καταταγεί στο παλιό σύνταγμα του πατέρα και του παππού του, το 21ο Σύνταγμα Δραγουμάνων του γερμανικού στρατού. Σε ηλικία 15 ετών, πολέμησε με την έκτη οθωμανική στρατιά στη Βαγδάτη, στο Kut-el-Amara και στην Παλαιστίνη. Ενώ υπηρετούσε στην Τουρκία, έφτασε στον βαθμό του Feldwebel (λοχία). Σε ηλικία 17 ετών, ήταν ο νεότερος υπαξιωματικός του γερμανικού στρατού. Κατά τη διάρκεια της θητείας του στο στρατό, τραυματίστηκε τρεις φορές και κόλλησε ελονοσία. Τιμήθηκε με το Αστέρι της Καλλίπολης της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, τον Σιδηρούν Σταυρό Α' και Β' τάξης και άλλα παράσημα.
Καριέρα ως Ναζί
Μετά την παράδοση της Γερμανίας τον Νοέμβριο του 1918, ο Höss τελείωσε το γυμνάσιο. Σύντομα, εντάχθηκε στις εθνικιστικές παραστρατιωτικές ομάδες που σχηματίζονταν. Αρχικά, εντάχθηκε στο Σώμα Εθελοντών της Ανατολικής Πρωσίας. Στη συνέχεια εντάχθηκε στο Freikorps Rossbach στις χώρες γύρω από τη Βαλτική Θάλασσα, τη Σιλεσία και το Ρουρ. Ο Höss συμμετείχε στις ένοπλες τρομοκρατικές επιθέσεις κατά των Πολωνών κατά τη διάρκεια των εξεγέρσεων της Σιλεσίας (όταν οι Πολωνοί προσπάθησαν να ξεφύγουν από τον γερμανικό έλεγχο). Συμμετείχε επίσης σε τρομοκρατικές επιθέσεις εναντίον Γάλλων υπηκόων κατά τη διάρκεια της Κατοχής του Ρουρ (όταν η κοιλάδα του Ρουρ στη Γερμανία κατελήφθη από τη Γαλλία και το Βέλγιο).
Ο Höss προσχώρησε στο ναζιστικό κόμμα το 1922, αφού άκουσε την ομιλία του Αδόλφου Χίτλερ στο Μόναχο. Ο Höss ηγήθηκε τουλάχιστον μιας πολιτικής δολοφονίας και πέρασε έξι χρόνια στη φυλακή γι' αυτό.
Στις 31 Μαΐου 1923, στο Μέκλενμπουργκ της Γερμανίας, ο Höss και μέλη του Freikorps (εθελοντές Γερμανοί στρατιώτες) ξυλοκόπησαν μέχρι θανάτου έναν τοπικό δάσκαλο ονόματι Walther Kadow. Το έκαναν αυτό επειδή το ήθελε ο Μάρτιν Μπόρμαν. Ο Μπόρμαν έγινε αργότερα προσωπικός γραμματέας του Χίτλερ. Ο Bormann πίστευε ότι ο Kadow είχε πει στη γαλλική κατοχική κυβέρνηση ότι ο ναζιστής στρατιώτης Albert Leo Schlageter σαμποτάριζε τις γαλλικές γραμμές ανεφοδιασμού. Ο Schlageter συνελήφθη και εκτελέστηκε στις 26 Μαΐου 1923. Λίγο αργότερα, ο Höss και διάφοροι συνεργοί του, συμπεριλαμβανομένου του Bormann, σκότωσαν τον Kadow από εκδίκηση. Το 1923, αφού ένας από τους δολοφόνους ομολόγησε σε τοπική εφημερίδα, ο Höss συνελήφθη και δικάστηκε ως αρχηγός της δολοφονίας. Ο Höss δήλωσε αργότερα ότι στην πραγματικότητα υπεύθυνος ήταν άλλος άνθρωπος, αλλά εκείνη την εποχή ο Höss αποδέχθηκε την ευθύνη ως αρχηγός της ομάδας. Καταδικάστηκε (στις 15 ή 17 Μαΐου 1924). Η ποινή του ήταν για 10 χρόνια στο σωφρονιστικό ίδρυμα (φυλακή) του Βρανδεμβούργου. Ο Μπόρμαν καταδικάστηκε σε φυλάκιση ενός έτους.
Ο Höss αφέθηκε ελεύθερος τον Ιούλιο του 1928 στο πλαίσιο μιας γενικής αμνηστίας. Εντάχθηκε στο κίνημα Völkisch ("Αρταμανικός Σύνδεσμος"), ένα εθνικιστικό κίνημα "επιστροφής στη γη" που υποστήριζε την καθαρή, αγροτική ζωή.
Στις 17 Αυγούστου 1929, ο Höss παντρεύτηκε την Hedwig Hensel (3 Μαρτίου 1908 - 1989), την οποία γνώρισε στην Artaman League. Μεταξύ 1930 και 1943 απέκτησαν πέντε παιδιά: δύο γιους (Klaus και Hans-Rudolf) και τρεις κόρες (Ingebrigitt, Heidetraut και Annegret).
Εντασσόμενος στα SS
Ο Höss έγινε μέλος των SS την 1η Απριλίου 1934, όταν ο Χάινριχ Χίμλερ ενθάρρυνε όλους τους Ναζί να ενταχθούν στα SS. Ο Höss εντάχθηκε στις μονάδες SS-Totenkopfverbände (Μονάδες της κεφαλής του θανάτου) το ίδιο έτος. Έφτασε να θαυμάζει τον Χίμλερ τόσο πολύ που θεωρούσε ότι ό,τι έλεγε ο Χίμλερ ήταν "ευαγγέλιο". Προτιμούσε ακόμη και να εκθέτει τη φωτογραφία του Χίμλερ στο γραφείο του αντί του Χίτλερ.
Ο Höss τοποθετήθηκε στο στρατόπεδο συγκέντρωσης του Νταχάου τον Δεκέμβριο του 1934. Εκεί, όπου κατείχε τη θέση του Blockführer ("Αρχηγός μπλοκ"), που σημαίνει ότι ήταν υπεύθυνος για έναν στρατώνα κρατουμένων. Το 1938, ο Höss προήχθη σε SS-Hauptsturmführer (λοχαγό) και έγινε βοηθός του Hermann Baranowski στο στρατόπεδο συγκέντρωσης Sachsenhausen.
Ο Höss εντάχθηκε στην Waffen-SS το 1939 μετά την εισβολή της ναζιστικής Γερμανίας στην Πολωνία. Ο Höss ήταν καλός στη δουλειά του και τα αφεντικά του του πρότειναν να προαχθεί (να του δοθεί καλύτερη δουλειά). Στο τέλος της θητείας του εκεί, ο Höss ήταν υπεύθυνος για τα αντικείμενα των κρατουμένων.
Διοίκηση του Άουσβιτς
Την 1η Μαΐου 1940, ο Höss διορίστηκε διοικητής του Άουσβιτς, το οποίο ήταν ένας συνδυασμός στρατοπέδων συγκέντρωσης και στρατοπέδου εξόντωσης. Ο Höss διοικούσε το στρατόπεδο για τριάμισι χρόνια. Στο διάστημα αυτό, μετέτρεψε το αρχικό στρατόπεδο σε ένα τεράστιο συγκρότημα (ομάδα στρατοπέδων) που ονομάστηκε Άουσβιτς-Μπίρκεναου. Ο Höss πήγε στο Άουσβιτς αποφασισμένος "να κάνει τα πράγματα διαφορετικά" και να αναπτύξει ένα πιο αποτελεσματικό στρατόπεδο από τα στρατόπεδα του Νταχάου και του Σαξενχάουζεν όπου είχε εργαστεί προηγουμένως. Ο Höss έζησε στο Άουσβιτς σε μια βίλα με τη σύζυγό του και τα πέντε παιδιά του.
Οι πρώτοι κρατούμενοι στο Άουσβιτς ήταν Σοβιετικοί αιχμάλωτοι πολέμου και Πολωνοί αιχμάλωτοι, μεταξύ των οποίων αγρότες και διανοούμενοι. Περίπου 700 από αυτούς τους αιχμαλώτους έφτασαν στο Άουσβιτς τον Ιούνιο του 1940- οι Ναζί φρουροί τους είπαν ότι δεν θα επιβίωναν πάνω από 3 μήνες.
Στο μεγαλύτερο μέρος του, το Άουσβιτς περιλάμβανε τρία μεγάλα στρατόπεδα:
- Άουσβιτς Ι: Το διοικητικό κέντρο ολόκληρου του συγκροτήματος
- Άουσβιτς ΙΙ (Άουσβιτς-Μπίρκεναου): Μπιουκάου: Το στρατόπεδο εξόντωσης, όπου οι άνθρωποι στέλνονταν για να θανατωθούν αμέσως.
- Άουσβιτς ΙΙΙ (Monowitz): Farben και αργότερα για άλλες γερμανικές εταιρείες.
Υπήρχαν επίσης πολλά μικρότερα "υποστρατόπεδα" σε κοντινή απόσταση. Το συγκρότημα του Άουσβιτς χτίστηκε σε περίπου 8.000 εκτάρια (20.000 στρέμματα) που είχαν εκκαθαριστεί από όλους όσους ζούσαν εκεί.
Τον Ιούνιο του 1941, ο Höss συναντήθηκε με τον διοικητή των SS Heinrich Himmler στο Βερολίνο. Ο Χίμλερ είπε στον Χες ότι ο Χίτλερ είχε δώσει εντολή για την Τελική Λύση - να σκοτωθεί όλος ο εβραϊκός λαός. Ο Χίμλερ είχε επιλέξει το Άουσβιτς ως το μέρος όπου θα εξοντώνονταν οι Εβραίοι της Ευρώπης. Επέλεξε το Άουσβιτς "[λόγω] της εύκολης πρόσβασης με τρένο [τρένο] και επίσης επειδή ο εκτεταμένος χώρος προσέφερε χώρο για μέτρα που εξασφάλιζαν την απομόνωση". Αυτό σήμαινε ότι το Άουσβιτς ήταν αρκετά μεγάλο ώστε η γενοκτονία των Εβραίων να μπορεί να παραμείνει μυστική. Ο Χίμλερ περιέγραψε το έργο ως "μυστική υπόθεση του Ράιχ". Ο Höss δήλωσε αργότερα ότι "κανείς δεν επιτρεπόταν να μιλήσει για αυτά τα θέματα με κανένα άτομο και ότι ο καθένας υποσχόταν στη ζωή του να τηρήσει τη μέγιστη μυστικότητα".
Ο Höss άρχισε να δοκιμάζει και να τελειοποιεί τις τεχνικές μαζικής δολοφονίας στις 3 Σεπτεμβρίου 1941. Τα πειράματά του έκαναν το Άουσβιτς το στρατόπεδο που θα σκότωνε τους περισσότερους κρατούμενους κατά τη διάρκεια του Ολοκαυτώματος. Ο Höss δήλωσε αργότερα ότι, κατά τη διάρκεια μιας κανονικής ημέρας στο Άουσβιτς, δύο έως τρία τρένα που μετέφεραν 2.000 κρατούμενους το καθένα έφταναν κάθε μέρα για περιόδους τεσσάρων έως έξι εβδομάδων. Οι κρατούμενοι εκφορτώνονταν στο στρατόπεδο θανάτου του Μπιρκενάου. Οι κρατούμενοι που ήταν δυνατοί, υγιείς και ικανοί να εργαστούν μεταφέρονταν σε στρατώνες είτε στο Μπίρκεναου είτε σε ένα από τα άλλα στρατόπεδα του Άουσβιτς. Οι κρατούμενοι που ήταν ηλικιωμένοι, πολύ νέοι, άρρωστοι ή ανίκανοι να κάνουν καταναγκαστική εργασία θανατώνονταν σε θαλάμους αερίων, οι οποίοι μεταμφιέστηκαν σε ντους. Στην αρχή, οι μικρές αποθήκες αερίων βρίσκονταν βαθιά μέσα στο δάσος, για να παραμείνουν μυστικές. Αργότερα, τέσσερις μεγάλοι θάλαμοι αερίων και κρεματόρια κατασκευάστηκαν στο Μπιρκενάου για να διευκολύνουν τους Ναζί να σκοτώνουν περισσότερους ανθρώπους, πιο γρήγορα.
Τεχνικά [δεν] ήταν τόσο δύσκολο - δεν θα ήταν δύσκολο να εξοντώσουμε ακόμα μεγαλύτερους αριθμούς.... Η ίδια η δολοφονία απαιτούσε τον λιγότερο χρόνο. Μπορούσες να ξεφορτωθείς 2.000 [ανθρώπους] σε μισή ώρα, αλλά η καύση ήταν αυτή που απαιτούσε όλο το χρόνο. Η δολοφονία ήταν εύκολη- δεν χρειαζόσουν καν φρουρούς για να τους οδηγήσεις στους θαλάμους- απλώς έμπαιναν μέσα περιμένοντας να κάνουν ντους και, αντί για νερό, ενεργοποιούσαμε το δηλητηριώδες αέριο. Το όλο πράγμα πήγε πολύ γρήγορα.
Ο Höss πειραματίστηκε με διάφορα δηλητηριώδη αέρια. Αρχικά, χρησιμοποίησε βαμβακερά φίλτρα εμποτισμένα σε θειικό οξύ. Αργότερα ο Höss άρχισε να χρησιμοποιεί υδροκυάνιο (προυσικό οξύ), που παρασκευάζεται από το φυτοφάρμακο Zyklon B, αφού ο αναπληρωτής του Karl Fritzsch το δοκίμασε σε μια ομάδα Ρώσων κρατουμένων το 1941. Ο Höss είπε ότι όταν χρησιμοποιούσε το Zyklon B, οι κρατούμενοι χρειάζονταν 3-15 λεπτά για να πεθάνουν, και ότι "ξέραμε πότε οι άνθρωποι ήταν νεκροί επειδή σταμάτησαν να ουρλιάζουν".
Μετά το Άουσβιτς
Στις 10 Νοεμβρίου 1943, ο Arthur Liebehenschel έγινε διοικητής στο Άουσβιτς. Ο Höss ανέλαβε την τελευταία θέση του Liebehenschel ως πρόεδρος του Amt D I στην Amtsgruppe D του SS-Wirtschafts-Verwaltungshauptamt (WVHA), το οποίο διαχειριζόταν τα στρατόπεδα συγκέντρωσης. Ο Höss έγινε επίσης αναπληρωτής (βοηθός) του Richard Glücks, του επιθεωρητή όλων των στρατοπέδων συγκέντρωσης.
Στις 8 Μαΐου 1944, ο Höss επέστρεψε στο Άουσβιτς για να επιβλέψει την επιχείρηση Aktion Höss. Στην Aktion Höss, 430.000 Ούγγροι Εβραίοι στάλθηκαν στο Άουσβιτς και θανατώθηκαν σε 56 ημέρες. Ακόμη και οι τεράστιες εγκαταστάσεις που είχε κατασκευάσει ο Höss δεν μπορούσαν να διαχειριστούν τον τεράστιο αριθμό των πτωμάτων των θυμάτων. Το προσωπικό του στρατοπέδου αναγκάστηκε να κάψει χιλιάδες πτώματα σε ανοιχτούς λάκκους φωτιάς.